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置顶 · 用AutoDock进行分子对接教程——半柔性对接
热度 1 2017-12-20 20:58
以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正! Autodock 分子对接教程 First release:2017-12-20 Last update: 2018-07-24 Autodock 是一款分子对接软件包,开源且免费,官方网址是 http://autodock.scripps.edu/ ,目前最新的版本是 AutoDock 4.2.6 ,包括 ...
个人分类: 软件学习|25562 次阅读|3 个评论 热度 1
Linux中快速创建大量文件夹的命令
杜文义 2018-8-7 15:38
以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正! Linux下快速创建大量文件夹的命令 First release:2018-08-07 Last update: 2018-08-014 在linux使用过程中有时会需要创建大量的文件夹,创建文件夹的命令是mkdir 内容如下,直接在shell ...
个人分类: 技术交流|1984 次阅读|没有评论
AMBER中mdout_analyzer.py和ambpdb的使用
杜文义 2018-7-22 16:17
以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正! AMBER中 mdout_analyzer.py 和 ambpdb 的使用 First release:2018-07-22 Last update: 2018-07-22 本文内容基于Amber最新版本Amber18 mdout_analyzer.py 是快速分析sander和pmemd计算得到的out文 ...
个人分类: 技术交流|3338 次阅读|没有评论
Amber和Gaussian联用计算RESP原子电荷
杜文义 2018-3-17 20:06
以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正! Amber和Gaussian联用计算RESP原子电荷 First release:2018-03-17 Last update: 2018-07-22 原子电荷 ,顾名思义就是位于原子中心点的电荷,是对体系中电荷分布最为简单的描述。原子电荷可以帮助化学研究者们考察 ...
个人分类: 技术交流|4727 次阅读|没有评论
批量下载Zinc数据库中小分子
杜文义 2018-1-31 15:19
以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正! 批量下载Zinc数据库中小分子的方法 First release:2017-01-31 Last update: 2018-01-31 Zinc数据库 不用多说,大多数化学研究的工作者都“如雷贯耳”,但是真正使用过的人却很少,本文为大家介绍下载Zinc数据库中的小分 ...
个人分类: 软件学习|10168 次阅读|没有评论
用AutoDock进行分子对接教程——柔性对接
杜文义 2018-1-31 11:29
以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正! Autodock 分子对接教程 First release:2017-01-31 Last update: 2018-01-31 Autodock 是一款分子对接软件包,开源且免费,官方网址是 http://autodock.scripps.edu/ ,目前最新的版本是 AutoDock 4.2.6 ,包括 Aut ...
个人分类: 软件学习|8958 次阅读|没有评论
用Amber进行能量分解和计算结合自由能——MMPBSA工具
杜文义 2018-1-13 11:15
以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正! 用Amber进行能量分解和 计算 结合自由能 First release:2018-01-13 Last update: 2018-03-17 Amber是一款适用于生物大分子的动力学模拟的软件,其官方网站是 http://ambermd.org/index.html ,目前最新版本为Amber17 ...
个人分类: 技术交流|8230 次阅读|没有评论
如何做出漂亮的序列比对图——ENDscript/ESPript
杜文义 2017-12-16 20:57
以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正! 如何做出漂亮的序列比对图——ENDscript/ESPript First release:2017-12-16 Last update: 2018-03-17 大家经常在文献中看到非常好看的序列比对图,现在笔者将目前见过的最好看的序列比对图的作图方法作分享,希望对大家的科研 ...
个人分类: 软件学习|20240 次阅读|没有评论
采用Modeller进行同源建模_单模板建模
杜文义 2017-12-14 21:00
以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正! First release:2017-12-14 Last update: 2018-01-11 Modeller是一款比较优秀的同源建模软件,包括单模板和多模板建模,Discovery Studio软件中就是采用的Modeller建模模块。Modeller目前最新的版本是9.19,下载网 ...
个人分类: 软件学习|7054 次阅读|没有评论
计算表面静电势_APBS工具
热度 1 杜文义 2017-12-14 20:59
以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正! First release:2017-12-14 Last update: 2018-03-17 APBS工具是一种可以绘制表面静电势的工具,目前在多个软件中均有APBS的插件,如VMD、PyMOL等,但是笔者都使用过这些工具,发现Chimera软件的APBS工具是最方便的,效果图 ...
个人分类: 软件学习|6306 次阅读|1 个评论 热度 1

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