背景：

研究卤键的时候，通过高斯计算了相互作用能，通过AIM分析，卤素和levis键之间存在键关键点

利用adf对卤键进行成分分析

方法：

首先是高斯优化复合物，得到优化后的结构。

然后构建adf的输入文件，包含三部分复合物中片段A，复合物中片段B，复合物

文件格式可能会乱码

直接从附件下载

BrDou1acetoneCOOnoLimit.run

###############ADF 的输入文件 1.run####################

#! /bin/sh


$ADFBIN/adf -n2 <<eor
title BrDou1acetone_A

atoms
C                  0.66454700    1.44756200    0.00017800
C                 -0.72302100    1.35257400    0.00028900
C                 -1.31345800    0.09616000   -0.00020100
C                 -0.53357500   -1.05784100   -0.00083800
C                  0.84922400   -0.94597900   -0.00093300
C                  1.47605000    0.30759600   -0.00038200
H                  1.12701000    2.42877000    0.00057500
H                 -1.33458000    2.24619000    0.00073800
H                 -1.00319600   -2.03359300   -0.00129300
H                  1.44317800   -1.85205800   -0.00148100
C                  2.93880200    0.47474600   -0.00037700
C                  3.85937900   -0.49196500    0.00027200
H                  3.30006000    1.50067600   -0.00081800
H                  3.58742000   -1.54344700    0.00087600
C                  5.35117800   -0.20563900    0.00034100
O                  6.08905000   -1.22151600    0.00116100
O                  5.71881900    0.99174600   -0.00046900
Br                -3.21169300   -0.05246700   -0.00000700
end

basis
C /home/zyzhang/prog/adf2010.02/atomicdata/DZP/C
H /home/zyzhang/prog/adf2010.02/atomicdata/DZP/H
O /home/zyzhang/prog/adf2010.02/atomicdata/DZP/O
Br /home/zyzhang/prog/adf2010.02/atomicdata/DZP/Br
end

solvation
solvent name=acetone eps=20.7 rad=3.08
surf delley
end

SCF
converge  1e-8
end

eprint
sfo eigval
end

xc
metahybrid m062x
end

symmetry nosym

charge -1 0

endinput
eor

mv TAPE21 BrDou1acetone_A.t21

$ADFBIN/adf -n2 <<eor
title BrDou1acetone_B

atoms
N                 -6.34379800   -0.28648900    0.00058600
H                 -6.78482200    0.62762800    0.00110000
H                 -6.69831300   -0.77913400    0.81405900
H                 -6.69861600   -0.77836600   -0.81321900
end

basis
H /home/zyzhang/prog/adf2010.02/atomicdata/DZP/H
N /home/zyzhang/prog/adf2010.02/atomicdata/DZP/N
end

solvation
solvent name=acetone eps=20.7 rad=3.08
surf delley
end

SCF
converge  1e-8
end

eprint
sfo eigval
end

xc
metahybrid m062x
end

symmetry nosym

charge 0 0

endinput
eor

mv TAPE21 BrDou1acetone_B.t21

$ADFBIN/adf -n2 <<eor
title BrDou1acetone
 
solvation
solvent name=acetone eps=20.7 rad=3.08
surf delley
end

eprint
frag rot sfo eig
subend
end

xc
metahybrid m062x
end

symmetry nosym

charge -1 0

atoms
C                  0.66454700    1.44756200    0.00017800    f=BrDou1acetone_A
C                 -0.72302100    1.35257400    0.00028900    f=BrDou1acetone_A
C                 -1.31345800    0.09616000   -0.00020100    f=BrDou1acetone_A
C                 -0.53357500   -1.05784100   -0.00083800    f=BrDou1acetone_A
C                  0.84922400   -0.94597900   -0.00093300    f=BrDou1acetone_A
C                  1.47605000    0.30759600   -0.00038200    f=BrDou1acetone_A
H                  1.12701000    2.42877000    0.00057500    f=BrDou1acetone_A
H                 -1.33458000    2.24619000    0.00073800    f=BrDou1acetone_A
H                 -1.00319600   -2.03359300   -0.00129300    f=BrDou1acetone_A
H                  1.44317800   -1.85205800   -0.00148100    f=BrDou1acetone_A
C                  2.93880200    0.47474600   -0.00037700    f=BrDou1acetone_A
C                  3.85937900   -0.49196500    0.00027200    f=BrDou1acetone_A
H                  3.30006000    1.50067600   -0.00081800    f=BrDou1acetone_A
H                  3.58742000   -1.54344700    0.00087600    f=BrDou1acetone_A
C                  5.35117800   -0.20563900    0.00034100    f=BrDou1acetone_A
O                  6.08905000   -1.22151600    0.00116100    f=BrDou1acetone_A
O                  5.71881900    0.99174600   -0.00046900    f=BrDou1acetone_A
Br                -3.21169300   -0.05246700   -0.00000700    f=BrDou1acetone_A
N                 -6.34379800   -0.28648900    0.00058600    f=BrDou1acetone_B
H                 -6.78482200    0.62762800    0.00110000    f=BrDou1acetone_B
H                 -6.69831300   -0.77913400    0.81405900    f=BrDou1acetone_B
H                 -6.69861600   -0.77836600   -0.81321900    f=BrDou1acetone_B
end

fragments
BrDou1acetone_A   BrDou1acetone_A.t21
BrDou1acetone_B   BrDou1acetone_B.t21
end

endinput
eor

mv TAPE21 BrDou1acetone.t21

################################################################

运行这个文件

./1.run  >1.out  2>1.err

得到out文件。

如何从out文件中得到想要的分解的能量

下一篇博文分解