背景：σ-hole存在于卤素原子X的头部，R-X，x本身带负电，但是其头部由于电子的缺少，会有一个正电荷区域。

描述σ-hole包括Vmax，d以及ω，φ。

首先

setp1

通过gauss优化分子结构，计算频率。（要不要再关键词中指定电荷？？？）

得到chk文件。formchk  xxx.chk,得到fchk文件

step2

利用multiwfn软件，分析分子静电势表面

把软件和fchk文件放在同一个文件夹下面，这样更方便，不需要输入路径

双击打开Multiwfn。

根据提示，然后输入chk文件的名字，

根据提示，选择12Quantitative analysis of molecular surface

根据提示，选择0 start analysis now！ 或者自定义参数后再分析

电子密度参数默认是0.001；grid的大小默认是0.25等

如果不需要计算ω，可以在pymol中计算其他3个参数，

选择0 view molecular structure,surface minima and maxima计算Vmax

我们发现Vmax=-26.438513

然后点击图形界面上的return 回到命令行界面

然后选择2export surface extrema as pdb file

得到了surfanalysis.pdb文件。里面是静电势极大点和极小点，分别用C原子和O原子表示。

然后选择5 export molecule as pfb file 把分子保存为pdb格式

起个名字。

然后在pymol中打开这两个文件，就可以测量角度和距离了d以及φ。

如果你要计算ω 可能需要用到VMD软件，支持电荷的读取，对于我选择的这个体系，由于卤素头部不存在正电荷区域，所以不在这个博文中演示ω的计算。

我在下面的博文中会找一个一个卤素头部带正电荷的分子，进行演示。