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vina怎么高通量筛选(参数,速度,精度)

已有 5148 次阅读 2013-10-26 09:54 |个人分类:DrugDesign|系统分类:科研笔记| 精度, 速度, 参数, 快速, vina

savedirs.sh

附件:

savedirs.sh

脚本功能:把文件夹下的文件保存到各个文件夹下

比如我的文件夹有30w个分子,我想每1w个分子放到1个文件夹下,就可以借助它来实现。

 

 

背景:
如果对接1w个分子,你不关注cpu以及exhaustiveness的设置,多进程的原理,你可以在一周内完成对接任务。
而如果你要对接30w个分子,你就需要设置合理的参数。
从而将1个月的时间缩短为1周。

前提是你有足够多的CPU,这里我假设有80个cpu可以使用

解决方案:
vina的多进程是由exhaustiveness决定的,一般一个cpu上面跑一个进程比较快,
所以我们必须手动设置cpu的数目,高通量筛选,我建议保留一个构象,或者能量相差0.1的构象。
这里我设置cpu=4,exhaustiveness=4,这样我可以开20个进程,
每个进程中又有4个进程用满足exhaustiveness。

exhaustiveness这个参数越大计算的更详细,得到的能量更好构象更多



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