gamit 根据已有的网上示例可以基本安装完成，但在ubuntu12.04系统安装时会出现一些问题，比如在libraries目录下的makefile.comfig文件中需要改动为
# ----- for Linux from 0.0.1 to 3.0.0  -- #
OS_ID Linux 0001 3462

注意：此处3462不一定是一个定值，与所用机子配置有直接关系，如果改动后不成功，在终端会提示一个值类似：****（数值）not found 之类，把这个数值替换就可以了。
原因是因为系统版本过高和GAMIT安装文件不匹配，需要改动。
另外，一般习惯使用bash，因此在home目录下显示隐藏文件，
然后打开.bashrc,
在文件最后添加
# for GAMIT
export  PATH=$PATH:/路径/gamit/bin:/路径/kf/bin:/路径/com

export  HELP_DIR=/路径/help/

然后就可以正常使用了。

GMT安装需要两个文件，需要编辑一下。（已编辑好）；
当然回到bash同样修改.bashrc，添加：
#for GMT
export PATH=/usr/local/GMT4.5.7/bin:$PATH

export MANPATH=/usr/local/GMT4.5.7/man:$MANPATH

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/GMT4.5.7/lib:$LD_LIBRARY_PATH

export NETCDFHOME=/usr/local/netcdf-3.6.3

注：感谢周锋的指导