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netmap(): 利用离散图模型构建多倍体遗传连锁图谱

已有 2568 次阅读 2019-6-6 21:17 |系统分类:论文交流

之前的推文介绍过构建多倍体遗传连锁图谱的软件 polymapR,在 polymapR 的论文发表之后,Bioinformatics 杂志于 2018 年 9 月又发表了另外一篇构建多倍体遗传连锁图谱软件的论文,标题为 “De novo construction of polyploid linkage maps using discrete graphical models”。

论文网址:https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty777


这篇论文介绍的构建多倍体遗传连锁图谱的工具是利用 R 语言写的 netgwas 包中的 netmap() 模块。netgwas 中另外两个模块分别是 netsnp() 和 netphenogeno() 模块,前者用于构建标记互作网络(连锁不平衡),后者用于构建“基因型-表型”互作网络。


这篇论文提出利用 graphical models 构建遗传连锁图谱,包括 sparse Gaussian copula 或 non-paranormal skeptic 的方法。软件测试结果表明构建连锁图谱效果很好。这个软件即可以用于分析无缺失的数据集,也可以用于分析存在分型错误的数据集。netmap() 的用法很简单,如下图所示。经过实际测试发现运行速度很快,对于示例的四倍体土豆的 1104 个标记,只需要十分钟左右的时间。值得一试!


软件地址:https://cran.r-project.org/web/packages/netgwas




https://wap.sciencenet.cn/blog-656335-1183486.html

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