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下载人类和动物基因组数据的方法

已有 9661 次阅读 2017-3-13 16:53 |系统分类:科研笔记

背景:因需要下载人类或动物基因组的染色体序列文件和 GFF3/GTF 格式的基因注释文件,发现在 UCSC Genome Browser 网站上只能找到染色体序列文件,却找不到 GFF3/GTF 格式的文件,很困惑。


UCSC Genome Browser 主要存储人类和脊椎动物的基因组数据的网站,并部署了 Genome Browser 功能,方便浏览基因数据。而 Ensemble 是欧洲的一个存储基因组信息数据库,网址为:http://asia.ensembl.org/index.html。幸运的是,Ensemble 上可以下载到 GFF3/GTF 文件,下载方法为 FTP,比如人类基因组染色体序列的下载地址为:

ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-87/fasta/homo_sapiens/dna/

通过 FTP 下载软件,比如 FileZilla,登录到 ftp.ensembl.org 这个站点,然后在 release-87 这个文件夹下可以找到多种格式的基因组数据文件。



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