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听到一场精彩的报告

已有 5167 次阅读 2012-9-6 21:44 |系统分类:科研笔记

昨天下午本所邀请到法国一位专家以及农大的赖锦盛教授作报告,前者因为是做小麦的,进行全基因组测序以及不同策略的重测序,不太懂,虽然我所在的实验室也有大豆的重测序,可我还是不太懂,主要是感觉,目的性不强;但听了后者的报告感觉很好,虽然,我不是农学出身,但是,经过一年的熏陶,对于系谱,回交导入系,这些基本概念还是有了一点了解,对于玉米中这种基于谱系的表观生物学研究,感觉很有趣味,从整体基因组的角度,染色体不同SNP分布,稀有基因的寻找,感觉虽然我是表观生物学的门外汉,但也听得津津有味,用表观生物学以及其他先进的技术手段结合传统育种,很有点让老树发新芽的感觉,可以说杂交育种中深层次的机理性的东西值得深深挖掘。

上网搜索了一下,关于相关两篇论文的中文简介,来自中国农大的网站:

1、6月4日,我校赖锦盛教授课题组研究论文“Genome-wide genetic changes during modern breeding of maize”在Nature Genetics(《自然﹒遗传》,影响因子为36.377)正式发表。

玉米是世界上重要的粮食作物之一。过去几十年的玉米育种为玉米产量带来了巨大的增长,但是品种改良过程中带来的基因组水平上的遗传变化之前一直还没有系统的研究。

赖锦盛教授课题组利用第二代测序技术对来自不同地域以及不同育种年代的278份玉米自交系基因组进行了系统地比较分析,阐述了现代玉米育种过程中的发生的基因组遗传变化规律。研究发现玉米育种过程中涉及了上千个受选择的靶位点,其中包括编码蛋白的基因以及非编码调控区。同时发现在玉米育种过程中遗传多样性有所丢失,但群体中低频等位基因的不断累积,比例在不断增加。通过分析四个具有系谱关系的中国自交系发现,育种过程中玉米基因组的同源区间能够产生广泛的遗传变异,而且这种变异非常迅速。研究还对这些变异类型(包括单碱基突变,插入缺失及基因拷贝数变异)的速率进行了准确的估算。

本文的实验结果由我校国家玉米改良中心和农业生物技术重点实验室研究生焦银平、赵海楠、任龙翚及宋伟彬共同完成,赖锦盛教授为通讯作者。该研究由我校主持的“973”项目资助。
2、赖锦盛教授PNAS研究报道玉米胚乳中基因印迹存在广泛
印迹基因倾向成簇出现 小部分直接受DNA甲基化调控
(科研院 2011年11月25日 报道)
11月23日,赖锦盛教授实验室在PNAS(《美国国家科学院院刊》)在线发表了题为 Extensive, clustered parental imprinting of protein-coding and non-coding RNAs in developing maize endosperm 文章,首次报道了玉米胚乳中基因印迹存在的广泛性,在植物中第一次深入地分析了印迹非编码RNA的特征,并对基因印迹的调控机理进行了分析。
基因印迹作为一种特殊的表观遗传现象,在动植物生长发育过程中扮演着极为重要的角色。虽然基因印记现象是四十年前在玉米中首先被发现的,然而目前玉米中只有少数几个基因特异的印迹基因被鉴定出来。

赖锦盛教授实验室系统地分析了玉米授粉后10天正反交胚乳中各基因位点的等位基因的差异表达情况,进而准确鉴定出179个印迹基因。研究发现了38个印迹的长非编码RNA,它们在基因间或编码蛋白基因的内含子区域内转录。该实验室还发现,这些印迹基因倾向于以成簇方式出现于基因组中,有一部分印迹基因是紧密相邻的。

为了研究DNA甲基化对基因印迹的调控作用,赖锦盛教授实验室分析了印迹基因的父、母本位点的甲基化模式。在所分析的印迹的编码蛋白基因和非编码RNA中,发现了21个差异甲基化区域(DMR) ,这说明只有小部分印迹基因是直接受DNA甲基化调控。同时还发现:不管是母本或是父本表达的印迹基因,所有鉴定到的21个差异甲基化区域均表现出母本的去甲基化和父本的过度甲基化。

本文的实验结果主要由我校国家玉米改良中心和农业生物技术重点实验室博士研究生张梅、赵海楠和解少俊共同完成,赖锦盛教授是本文的通讯作者。此研究受到我校主持的“973”项目资助。
 



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1 丛远新

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