科研评价的目标究竟为何？这是研究科研评价（不管是“指标评价”还是“同行评议”）必须首先要搞清楚的。
我想学者们还是能够认可这样一个观点：科研评价，归根结底要为了获得更进一步的本质创新而出现和存在的，尤其是那些颠覆式创新，更需要科研评价的发现、鼓励和认可。否则，采用客观指标去给出某个或高或低的分数，和小学生们因为理解和正确运用了知识而得到某个分数有何差别？！
同行评议，哪怕是出于嫉妒的同行相斥故意贬低的评议，都能在本质上对自己的朋友、同事、或对手/竞争者的科研成果做出相对客观的评价，事实上，因为他们，也只有他们，才知道里面所包含的价值之所在。即便那些历史上一度被不识货的大学者所埋没的科研成就，最后也依然是被同行认可才得以在学术界广泛传播的。
一般而言，大学者要更看重同行评议，所以才有数学家约翰•弗里茨说出的那句极富“精神文明”风格的话：“我活着，工作着.....仅仅是为了能得到我那些一向吝于赞扬的同行朋友的几句夸奖罢了。”这正是创新应该设定的目标，尽管这样的话里没有“为国为民为利”的激情表达，只是纯个人心理体验罢了。
创新是科学界使命和义务上要完成的对自我的否定与提升。这一点由迟来的历史认定也是有可能的，但是太慢，所以需要有眼光的同行给出客观理性的评判，进而鼓励形成新思路（前期）或取得新成果（最后）。而科学的这种开放性恰恰是一个偏重稳定的封闭系统所不具备的。
指标评价是封闭系统运行的要义。
一种学术期刊要从时间轴上对自己进行评价，包括论文发表数量、引用情况、与其他年份同期的比较，都充其量是一种封闭性的评价，当然，期刊要认识到自身的成长状态，这种指标式的评价还是有些参考价值的。
一个学术机构对自身的评价也类似。
即便是把诸多的期刊（学术机构）放在一起进行排队评价，也只是从编辑（科研管理者）的视角看待问题，而不是从在其上发表论文的科学家与学者的角度与观点看待问题，换句话说，期刊间基于指标的比较评价在编辑范畴内是封闭的，而科学研究，尤其是里程碑式的科研成果，本身一定是要开放了来审视的，尽管小同行的数量在国际上都可能极少，尽管它刊载在一个明显倾向于封闭运行的平台上。
因此，指标派的根本问题其实在于一直在且一直囿于在封闭系统里运行，也许它们也只能在封闭系统里运行，才能显出自己存在的合理性与价值，一旦进入高维空间或开放系统，立刻产生无力感，莫非这也是指标派总给人以苍白印象的原因？
学术研究，尤其是自然科学领域的学术研究，在封闭的系统中也可以有推广、扩展、类推，但是无法完成创新，因为创新往往来自于对既有思维的突破，根本无从在封闭系统里实现。相对于小打小闹的补充、完善式的更新，大的科学创新更要破除既有的封闭状态，正如伽罗华之于柯西，阿贝尔之于高斯，尽管后者的贡献也是里程碑式的，但一旦他们进入一种自为的或自觉的封闭系统，就会自动对封闭系统之外（或曰更高维意义下的系统）新来的观点、观念、成果、结论采取保守主义态度。
指标派所持的观点和相应的行为恰恰在封闭系统中能充分体现出自己的价值，比如一个大学里面的奖金分配等，用这种算分的策略是争议最少、行政成本最低的，且指标派的思维用于评价一些作业式科研又确实有效（我们都上过小学，难道还不知道小学老师给大家分数要怎么做嘛）！
如果我们的科研就是为了排队，为了激励大家在未来继续努力将自己的位置放前面一点，则指标派的作用非常明显。
如果我们的科研是为了创新，尤其在自然科学领域的创新是完全可以进行国际对话的，是否取得国际话语权很容易衡量，则指标式的评价只能伤害整个民族的创新欲望和能力培养的可能。创新，哪怕是创新的苗头，它需要同行们及时发现、评议、把握、并给予及时鼓励，才能造就更大力度的创新，在这一点上，指标派从来都是无能为力，未来也不可能有所作为。
所以，科研成果的“指标评价派”和“同行评议派”的争执事关中国是否有资格进入创新国家的大局，如果我们再继续糊涂下去，把指标用的更为娴熟和泛滥，就将失去更多的机会，面对大量简单复制就可以达到的高指标而沾沾自喜，继续在山寨国家的队列中领跑。
相关专题：科研评价指标功与过
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