曹务强
生物信息学软件安装2:使用Bioconda管理生信软件
2017-11-15 23:37
阅读:8273
标签:生物信息学, 软件安装, conda

在苹果操作系统上,我们可以从App Store下载各种软件。Linux操作系统有没有一个类似于App Store的平台,可以使我们非常方便的下载各种软件,而不用考虑各种依赖包的问题呢?答案当然是肯定的,就是我们今天要介绍的Bioconda。

要介绍Bioconda首先得介绍一下Anaconda:

Anaconda指的是一个开源的Python发行版本,而Bioconda是Anaconda中专门用来管理生物信息学相关软件的channel。目前,Bioconda已经支持安装2700多种生物信息学相关的包。

Bioconda的主页

1.安装conda

要使用Bioconda,必须先安装conda,有两个版本可供我们选择:miniconda和anaconda。miniconda的体积较小,但是能满足正常的生物信息学使用,如果你的网速较慢或者硬盘空间较小,可以优先选择此版本。进入miniconda的下载页面,选择合适的版本进行下载和安装,此处以Python3.6版本为例:

  1. # cd进入你的软件安装目录

  2. cd /mnt/h/Workspace/Biosoft/

  3. # 下载miniconda安装包

  4. wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

  5. # 安装miniconda

  6. bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装完成后,重新登录或者source ~/.bashr,并将conda添加到环境变量PATH。

2.配置Chanels

在conda的迷人配置中,并不包含生物信息学软件源,所以需要把生物信息学相关的chanels添加到conda中:

  1. conda config --add channels r

  2. conda config --add channels defaults

  3. conda config --add channels conda-forge

  4. conda config --add channels bioconda

3.添加国内源,解决下载慢的问题

Bioconda默认的chanel都在国外,下载软件非常缓慢,我们可以添加国内的chanel,以提高下载速度:

  1. conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

  2. conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

  3. conda config --add channels https://nanomirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

4.使用bioconda管理生物信息学软件

  1. # 此处以软件bwa为例

  2. # 安装bwa,默认安装最新版本

  3. conda install bwa

  4. # 查找bwa的所有版本

  5. conda search bwa

  6. # 安装特定版本的bwa

  7. conda install bwa=0.7.12

  8. # 查看conda中已经安装过的软件

  9. conda list

  10. # 升级软件

  11. conda update bwa

  12. # 卸载软件

  13. conda remove bwa 或者

  14. conda unistall bwa


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