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笔记-3 biology application of protein model
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第5章 Biology application of protein model
模型和实验结构有多近? 我们使用过两个函数来描述,
RMSD(Root Mean Squared Deviation), GDT-TS.
RMSD: 两个蛋白对应的坐标平方和取平均然后开方. 由于它的二次方形式,RMSD有些局限性.
GDT-TS
其中, GDT-1, GDT-2, GDT-4,GDT-8 分别表示预测模型中的C_alpha原子在距离真实结构对应原子1,2,4,8埃距离内的C_alpha 百分比.
实验的蛋白质结构,通常使用NMR( 核磁共振) 和 X-ray crystallography 得到的.
对核磁共振的成像,我们可以使用RMSD来评估蛋白质结构的准确性.
对X结晶衍射, 分辨率, R-free factor 可以用来评估结构的准确性.
一般来说, 较低分辨率的结构(例如6埃), alpha helices 的位置可以确定.
分辨率在3埃的结构, 蛋白质的骨架和侧链可以看见.
分辨率很好的结构(例如1埃), 甚至氢原子都可以看见.
所以, 一个准确的结构,的分辨率至少在2-2.5埃.
5.3 生物应用:
1. 分子替代 (solving the phase problem in crystallograpy by molecular replacment). 在晶体结晶时,分子结构的重建,需要衍射的相位(the phase of the diffracted waves), 这用实验不能直接测出来. 但是可以使用经验方法例如 heavy-atom isomorphous replacement and anomalous scattering or by molecular replacement.
2.预测生物功能(Prediction of biology function). 目前有效的方法是同源建模.
3.重新设计蛋白质. (Redesigning proteins) 设计一些新的蛋白,来研究C,N端的发生变化. (以抗体细胞为例, 轻链,重链)等.
4. 蛋白质生物化学性质的修改. (Modifying the biochemical properties of proteins)
5.docking 和抑制剂的设计( docking and inhibitor design)
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