COSMIC（the Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer）数据库主要由英国Wellcome Trust Sanger Institute开发和维护，数据库有专门的团队维护。主要包含有 Cell Lines Project 和 Genome Browser，其中 Cell Lines Project 是对最常使用的 1000 多种肿瘤细胞系的深入分析数据。

COSMIC是世界上最大的由专家整理的体细胞突变数据库，拥有超过7100万个体细胞突变。用户超过20000名，它是体细胞变异临床评估的重要组成部分。将COSMIC集成到您的NGS管线中，可快速确定癌症驱动因素突变，确定感兴趣的癌症类型中的突变是常见的还是罕见的，从而加速癌症样本分析。下图展示了COSMIC截至2021年5月的数据量。

◆ 从突变到功能

为了了解患者的突变是导致癌症的原因还是癌症产生的结果，COSMIC收集了有关基因在癌症中作用的证据。突变在细胞中起什么作用？它们是促使癌症生长还是抑制其生长？这些知识对于开发新的治疗方法至关重要。如果突变影响基因的功能，导致细胞不受控制地分裂，那么这些过程就是治疗的靶点。

◆ 从序列到结构

与Astex制药公司的合作产生了COSMIC-3D，即将DNA突变映射到它们编码的蛋白质的3D结构上。研究人员可以在蛋白质的背景下观察DNA序列的变化。这使研究人员能够确定药物设计的潜在靶点，刻画靶点的特征。以基因BRAF为例，当它发生突变时，BRAF蛋白的分子形状会发生微妙的变化，使其成为潜在药物靶点，即降低其促癌活性的药物。

1. COSMIC

癌症相关的体细胞位点，是整个网站的核心，收录了来自不同研究机构和数据库的体细胞突变数据，并提供了方便的浏览、检索、下载功能。

2. Cell Lines Project

对癌症研究中常用的细胞系样本进行了深入研究，分析其突变信息。

3. COSMIC-3D

通过交互式的网页展现基因突变所导致的蛋白结构域变化。在搜索框中输入一个具体的基因名称或者蛋白名称，可以查看详情。示例结构展示如下：

4. Cancer Gene Census

在癌症研究中，找到相关的突变基因是最核心的目的之一。通过对各种癌症研究进行调研，COSMIC整理了这份癌症相关的突变基因列表。

在CGC中，所有的癌症相关基因被分成两类：

Tier1：有充分的证据表明正是由于这些基因的突变，导致癌症的发生。

Tier2：在癌症中检测到了大量该基因的突变，但是并没有充分证据表明该基因突变对癌症产生了影响。

5. Cancer Mutation Census

CMC对COSMIC中的编码突变进行分类并确定导致不同类型癌症的变异，它整合了临床变异显著性、dN/dS比率和正常人群变异频率（gnomAD）。将这些数据与1500种人类癌症突变COSMIC数据一起使用，有助于预测基因组编码部分的候选驱动突变。

6. 癌症的可诉性（Actionability）

Actionability可显示针对癌症突变药物的可用性，跟踪临床研究的进展，促进新药变为可用。在安全性试验阶段和临床试验阶段中，以及进入市场后并重新调整用途的过程中，还有额外的案例研究中，针对体细胞突变的药物在药物开发的所有阶段都很具有代表性。Actionability的主要单元是突变、疾病和药物。捕捉这些单元之间的关系，可以识别针对特定癌症类型中特定基因变异的现有药物，以及即将推出的药物。

Cancer Browser — 按组织类型和组织学浏览COSMIC数据

Genome Browser — 浏览带有COSMIC注释的人类基因组

GA4GH Beacon — 快速查询COSMIC数据库中某个突变是否存在并返回JSON格式的数据

COSMIC in BigQuery — 使用ISB Cancer Genomics Cloud搜索COSMIC数据

COSMIC数据库作为癌症体细胞突变最大、最全面的数据库，已经成为许多科研工作者的研究利器。用好公共数据库对于一项研究项目来说能达到锦上添花的效果，公共数据库的了解和使用也是势在必行了！