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系统发育树构建软件Mega5支持最大似然法(Maximum likelihood)算法了

已有 25477 次阅读 2010-5-28 11:22 |个人分类:根瘤菌进化、发育与系统学|系统分类:科研笔记| 系统发育树, Mega5, 最大似然法, Maximum, likelihood

今天本来在试用PHYML中的最大似然法来构建系统发育树,后来与人交流,他要对一些序列进行比对,我推荐他用Mega软件,就让它从网上下载,他下载后,我发现Mega4已升级到5.0版本了。再一看,发现它居然支持最大似然法来构建系统发育树了,而以前的4.0版是不支持的。我赶紧自己也下载了一个,安装运行后,发现确实能用。不过美中不足的是,在该软件的主界面上有一个提示,说:“This is a beta test release. Please do not use results generated in publications”。哎,不管怎么说,以前大家都用装在苹果机上的PAUP中的ML法来构建系统发育树,而操作起来十分困难,现在好了,有MEGA5了。我试着用自己的16S序列数据,用ML法建了个树,发现所需时间不是很长,我在写帖子的时候,运行了17分钟了,完成了69%的任务。看来速度不会象苹果机上运行PAUP那么长的时间了。喜欢尝鲜的人赶紧下载下来试试。

除了这个ML法的大改进外,Mega5还有其它方面的改进,看起来和使用起来都比以前的mega4要好用。期待正式版的早日诞生!

Mega5的下载地址为:http://www.megasoftware.net/beta/index.php,需要填上姓名和email地址,然后从email中确认一下即可以下载了。



http://wap.sciencenet.cn/blog-3533-329594.html

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