整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（6）

（Integrating full and partial genome sequences to decipher the global spread of canine rabies virus）

法国巴斯德研究所等机构的Holtz等今年7月在国际权威科学杂志《自然通讯（Nature Communications）》发表研究论文（见参考文献），利用狂犬病毒基因组的全部和部分序列来分析历史上的狂犬病毒在国家之间的传播，产生了精确的年代测定和对其地理分布的可靠估计。

现分若干次译介此文，供国内关心犬狂犬病流行和控制的各界人士参考。 

结果(4)

5. 700年来由狗维持的狂犬病毒传播（700 Years of canine-maintained RABV spread）(2)

为了解决在国家这一级的祖先特征重建(ACR，ancestral character reconstruction)中仍然存在的位置不确定性，我们通过将国家分组为世界银行（World Bank）先前定义的23个地理区域(其中18个出现在我们的数据集中)，再次重建了祖先状态。在3,114个内部节点（nodes）中，用PastML MPPA方法估计了3,091个(占99.26%)内部节点的唯一区域。通过分组，我们能够估计国家重建可视化中未确定的节点的地区起源(图4a)。我们估计了所有（100%）先前定义的犬介导病毒分支（clades）的地区起源，以及它们先辈节点的86.7%（38/44)的地区起源(附录表4)。

 　　　　　图4:用PastML MPPA方法构建的犬RABV进化树中的区域祖先特征重建（ACR）。

a 共同认可的进化树(含6096个样本)的压缩可视化，此树中没有地区改变的部分被聚类（clustered）。对于每个集群（cluster），显示了其最早祖先节点的年代、其流行地区和所代表的样本数量。集群按区域着色(右侧显示颜色的图例)。

b 世界地图上RABV的区域分布。年代代表分枝的结束，而斜体年代表示未确定节点的年代(用与a对应的希腊字母和虚线圆圈表示)。虚线圆圈如先前无路径，则表示直到根节点为止年代未确定，而根节点的年代为1356年。置信区间见补充表4。圆圈位置代表所在区域而不是原产国。例如，东南亚的138个序列是从菲律宾分离得到的，尽管这个圆圈位于泰国。灰色区域表示在本数据集中没有样本的区域。

与先前的研究一致，我们估计东亚出现犬狂犬病是在1561年(1524-1594年，图4a中的浅棕色节点“1561东亚”)，而在南亚出现是在1760年(1716-1799年，图4a中的浅蓝色节点“1760南亚”，图4a)。从东亚来看，我们估计狂犬病曾多次引进到东南亚(SEA，图4a中的粉色节点)，揭示了该区域连续的再引进模式(图4b)。

独立于SEA（东南亚）集群（clusters）的是来自中国和韩国的RABV病例(arctic - al2，图4a中的浅棕色节点“1866 东亚”)，该集群具有北极分支的序列。据估计，其祖先起源于中国，可追溯到1866年(1843-1885)(补充表4和图3)。

（未完待续）

参考文献：

Holtz, A., Baele, G., Bourhy, H. et al. Integrating full and partial genome sequences to decipher the global spread of canine rabies virus. Nat Commun 14, 4247 (2023). https://doi.org/10.1038/s41467-023-39847-x 

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