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正确区分病毒分离物、变体和毒株

已有 1053 次阅读 2021-2-26 17:00 |个人分类:科学普及|系统分类:科普集锦

正确区分病毒分离变体和毒株

许多病毒学术语现在被许多能准确掌握其含义的人包括记者、医生、科学家、律师和各行各业的人。由于我们正处于一场几乎影响到所有人的病毒大流行中,人们常常混淆病毒分离物(isolates变体(variants毒株strains的含义。

病毒学术语都与试图在病毒圈中归类种类繁多的大量病毒有关。如今,病毒归类的主要依据是病毒基因组:编码新病毒颗粒的DNA或RNA。这种对基因组的依赖是最近才出现的:直到20世纪80年代,我们还没有基因组序列;因此,当时大多数分类是基于其他性质,如病毒粒子的大小,是否有膜,其对称类型,等等。今天,似乎一切都与基因组有关。

让我们病毒分离isolates这个术语开始,因为它是最容易定义的。分离物是我们从受感染的宿主中分离出来并在培养液中繁殖的病毒的名称。首批SARS-CoV-2(新冠病毒)分离株来自2019年末武汉的肺炎患者。少量的液体被注入他们的肺部,取出,放在培养细胞上。液体中的病毒在细胞中复制,我们得到了第一个分离病毒。

病毒分离物是一个非常基本的术语,它只表示病毒是从受感染的宿主分离出来的。一种分离物来自单一宿主。尽管SARS-CoV-2感染了超过1亿人,但我们没有上亿个分离,可能只有数个。我们确实有来源于很多人的基因组序列,这些序列可以推断为代表每个人的分离物

对分离物会进行命名,以便人们知道它们的起源。例如,SARS-CoV-2早期分离的名称为BetaCoV/Wuhan/WIV04/2019。这个分离名称包括属Beta冠状病毒,其次是起源城市分离株编号和年份。SARS-CoV-2是病毒的名称;它不是一个分离物的名称。其他病毒的分离也有精确的命名。详细的流感病毒命名如下:病毒名称/抗原类型/除人类以外的宿主/地理来源/序号/分离年份的最后两位数字(或全部四位数字)/血凝素亚型神经氨酸酶亚型。例如甲型流感病毒A/鸭/德国/1868/68 (H6N1)或甲型流感病毒A/鸡/越南/NCVD- 404/2010 (H5N1)。

病毒变体是其基因组序列不同于参考病毒分离物。对于基因组序列的改变是否导致病毒表型的任何改变,没有作出任何推论。在病毒基因组测序的时代,变体的意义变得模糊起来,因为几乎每个病毒分离都可能有略微不同的基因组序列。SARS-CoV-2就是这样:几乎每个分离物基因组序列都略有不同。截至2020年底,来自任何两个个体的任何SARS-CoV-2序列的差异约为3万个核苷酸中有约10个发生了变化它们都是变体。然而,从那时起,已经发现了更多变化的病毒变体。这些被称为值得关注的变体(variants of concernVOC),因为人们认为这些变化赋予了新的表型特性,如增强的适应性。

不幸的是,主流媒体追随本来应当懂得更多的科学家们的脚步,用毒株”这个词来描述变体。这种做法出现在每一次病毒爆发中:早先是埃博拉病毒寨卡病毒的毒株,现在是SARS-CoV-2的毒株2020年初发现了该病毒剌突(spike蛋白中有一个氨基酸变化的变体:第614位氨基酸从D变成了G。媒体称这是一种更具传染性的新毒株。但是毒株(strain的用法是不正确的:实际上是一种变体,并且迄今一直是这样

病毒的一个是一种具有独特和稳定表型特征的变体。这些特征只能通过在实验室、培养细胞和动物中进行的实验结果以及在受感染的人身上进行的观察来确定。毒株(strain这个名字不是那么容易获得的:当然不能简单地由记者来命名!将一种病毒变体指定为毒株将是国际病毒分类专家小组的责任。对于SARS-CoV-2毒株的命名至今只进行了一次:新冠病毒目前只有一种毒株毒株个词的错误用法不会改变这一事实。病毒株本来少之又少:这是人们非常希望得到的称号,但很少被国际病毒分类专家给予。一位逆转录病毒学家最近宣称,我保证,HIV-1病毒只有一种毒株一种脊髓灰质炎病毒,它是一种人类分离,在老鼠身上传代99次,直到它获得了感染该物种的能力。

还有其他一些描述病毒的术语,但这些术语与其说是有争议的,不如说是令人困惑的,而且它们并没有被普遍使用。血清型一词用于描述同种病毒在抗原上的不同。脊髓灰质炎病毒有三种血清型;如果你感染了1型病毒,那么你产生的免疫力将无法保护你免受2型或3型病毒的感染。登革热病毒的四种血清型和数百种鼻病毒的血清型也是如此。病毒的基因组序列被用来推断分离是否在血清学上不同。基因型一词用来描述病毒的基因组成。例如,根据其基因组的整体特性,丙型肝炎病毒被置于不同的基因型中。对于其他病毒,则使用分支(clade”一词。一个分支是由一个祖先及其后代组成的一组生物体,如下面的系统发育树所示。其中SARS-CoV-2分离HIV-1分离根据基因组序列构建的系统进化树被划分为进化 clade

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应该准确和一致地使用病毒学术语。在新冠病毒大流行期间,特别要注意正确地使用分离物”、变体“毒株”等术语,避免造成思想混乱。

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