中国2004年至2018年的动物狂犬病监测（3）

Animal Rabies Surveillance, China, 2004–2018

在美国CDC于今年12月出版的专业杂志《Emerg Infect Dis.（新发传染病）》上，发表了军事医学科学院军事兽医研究所（中国长春）涂长春研究员等的这篇研究论文，提供了迄今为止最全面的中国RABV（狂犬病毒）感染动物的种类、地理分布、传播源和遗传多样性的数据集。现将该论文的主要内容进行摘译，此次发布的是第三部分：

结果

2. 中国动物RABV的系统发生分析与进化

从177份阳性脑组织样本中扩增出完整的N基因108个。其中，我们选取了代表不同年份、不同动物种类、不同爆发地区和不同地点的78条参考序列，以及来自中国、周边国家和其他国家的222条参考序列，确定了它们的系统发生特征(附录表3)。中国的动物RABV可归类为4种主要的分支（clade）：亚洲分支、世界性分支、北极相关分支和印度次大陆分支，还可细分为不同的亚分支（subclade）(图1)。其中亚洲分支最为流行，广泛分布于中国和东南亚(SEA)国家，具有丰富的遗传多样性，主要通过狗传播。

图1. 对300条完整的狂犬病毒核蛋白序列进行系统发生分析，发现我国狂犬病毒可分为4个主要分支（clades）和8个亚分支（subclades）。引导（Bootstrap）值= 1,000。实心圆表示本研究提供的序列;空心圆表示来源于GenBank(附录表3, https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/26/12/0303-app1.pdf)中检索到的中国代表性序列。未标记的序列来自周边国家;少数是另一个世界性分支（Cosmopolitan clade）的亚分支中的疫苗序列。标注动物名称的分支:从野生动物溢出到狗后获得的分离物;粗体标记的分支:从标注的野生动物获得的分离株。SEA表示东南亚（Southeast Asia）.

这个世系又进一步分为5个亚分支和不同的世系（ lineages）。SEA1、2、3和5亚分支主要分布在中国人口密集地区;然而,某些世系以及SEA1和3亚分支的毒株也发现在东南亚一些国家传播,而SEA4仅限于菲律宾(图2)。

图2.（请参看英文原文） 中国及周边国家狂犬病毒分支和亚分支的地理分布。序列信息来自本研究和GenBank(附录表3, https://wwwnc.cdc.gov/EID/article/26/12/20-0303-App3.pdf)。

SEA表示东南亚（Southeast Asia）.

鼬獾RABV仅在中国有报告，被发现具有丰富的遗传多样性，在亚分支SEA1、2和5内又隔离成不同的世系(图1)(23)。在世界性分支内,包括一些疫苗株,一个草原型（steppe-type）亚分支是由狐狸传播的，分布在北部和西北部边境地区，邻近蒙古、俄罗斯和哈萨克斯坦,形成了两个主要的世系(图1)。其他世界性分支的毒株由狗传播，主要分布在人口稠密的内陆地区(图2)。中国的北极相关RABV在AL2 亚分支中分化，形成了两个世系，一个世系流行在中国东北和远东俄罗斯、蒙古和韩国，以犬和貉为主要宿主，另一个世系流行在中国西南，以犬类为主要传播源(图1,2)。直到2017年在靠近尼泊尔的西藏边境地区发现了第一例由印度次大陆分支引起的人类狂犬病病例，印度次大陆分支才在中国被发现(24)。该病例是由当地流浪狗咬伤引起的，是目前为止在中国确认的唯一一种印度次大陆RABV。

为了对不同亚分支进行时间排序，我们检索了GenBank中源于中国的2,486条RABV序列。剔除重复序列和无日期信息的序列后，仍有1,118条符合条件的序列，这些序列代表了1969年-2018年分离的1,118个中国毒株(包括图1)。这些序列包括全基因组(n = 45)、全或部分N (n = 819)、糖蛋白(G; n = 208)、磷蛋白(P; n = 15)，基质蛋白(M)和RNA依赖的RNA聚合酶(L; n = 6)基因。图3显示了中国不同RABV亚分支的时空关系，其中55个中国RABV序列在1969年(最早提交的)至2003年(因此按时间顺序列于2004年之前)期间分别在3个SEA亚分支和1个世界性亚分支中。

在2004年正式开展狂犬病监测后，提交给GenBank的序列数量急剧增加，此后提交序列的数量一直保持在高位。所获得的数据清楚地表明，大多数狂犬病暴发是由亚洲分支的毒株(93.3%)引起的，其他3个分支毒株的参与有限。在亚洲分支中，中国狂犬病地方病以 SEA1亚分支(70.1%)为主，其次是 SEA2(16.7%)。SEA1是分布最广泛的亚分支，并继续在扩展。

图3. （请参看英文原文）中国 RABV的时空动力学。对代表1,118个狂犬病病例或病毒株的1,118个序列进行系统发生分析，包括本研究中使用不同基因片段获得的序列，然后对每个亚分支进行时间序列总结。

A－C) 3个时间段内已识别的亚分支分布:  A) 2004年以前;  B) 2004－2008年;  C) 2009－2018年。 D) 2004－2018年8个中国RABV亚分支的数量趋势。在圆的下面给出了每个亚分支的确切数字。SEA表示东南亚（Southeast Asia）.

草原型亚分支首次出现于2011年，并迅速成为内蒙古和新疆边境地区家畜RABV的主要亚分支(图2)。AL2首次检测于2007年，近年来已成为常见的亚分支(10)。印度次大陆分支在2017年引发了一个偶发病例。结果表明，草原型、AL2和印度次大陆毒株是中国出现的新型RABV。狗传播的世界性毒株在过去十年中未被检测到。

英文原文：

Feng Y, Wang Y, Xu W, Tu Z, Liu T, Huo M, et al. Animal Rabies Surveillance, China, 2004–2018.  Emerg Infect Dis. 2020;26(12):2825-2834. https://dx.doi.org/10.3201/eid2612.200303 

相关博文：

中国2004年至2018年的动物狂犬病监测（1） 2020-12-07

 中国2004年至2018年的动物狂犬病监测（2） 2020-12-11