1、格式化数据库
命令：
makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname
参数：
-in：待格式化的序列文件
-dbtype：数据库类型，prot或nucl
-parse_seqids：自动解析seqid
-out：数据库名

2、蛋白序列比对蛋白数据库
命令：
blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10
-num_threads 8
参数：
-query： 输入文件路径及文件名
-out：输出文件路径及文件名
-db：格式化了的数据库路径及数据库名
-outfmt：输出文件格式，总共有12种格式，6是tabular格式对应BLAST的m8格式
-evalue：设置输出结果的e-value值
-num_descriptions：tabular格式输出结果的条数。-max_target_seqs(outfmt>4用-max_target_seqs控制数据数量)
-num_threads：线程数

3、核酸序列比对核酸数据库

命令：
blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10
-num_threads 8

4、核酸序列比对蛋白数据库

命令：
blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10
-num_threads 8

一般情况我们看第3、11、12两列，e值越小越可靠。

5.输出对应的scaffold

命令：

blastdbcmd -db name -entry 1 -out name-scaffold

在实际操作中，我比较喜欢以下步骤，较为直观简单的找到blast结果（若不当，请批评指出）：

（1）makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname

（2）blastn -query seq.txt -out gene+name  -db  Actata  -num_alignments 4 –evalue 1e-5 -num_threads 4 -word_size 11