小柯生命
美国西北大学岳峰团队绘制出斑马鱼顺势调控元件及三维基因组结构图谱
2020-11-26 08:47
阅读:788

北京时间2020年11月26日凌晨0时,美国西北大学岳峰等研究人员《自然》杂志发表论文——A map of cis-regulatory elements and 3D genome structures in zebrafish,合作绘制出斑马鱼顺势调控元件及三维基因组结构图谱。


美国西北大学医学院Duane and Susan Burnham讲席教授岳峰为本文通讯作者,西北大学Feinberg医学院助理教授杨洪波,博士后栾宇、刘婷婷为本文共同第一作者。

 
55.jpg


研究人员表示,斑马鱼作为研究人类疾病的模型已被广泛使用,但其非编码部分的研究,例如重要组织或器官的组织特异性调控单元仍然较其他模式动物的研究滞后。

 

为了解决这些问题,研究人员从从斑马鱼中选取了11种主要组织和2个胚胎组织,以组织特异性的方式系统的绘制了一个大型的转录组,DNA调控元件,异染色质,DNA甲基化和染色质互作的综合性调控图谱。

 

56.jpg


研究人员整合分析确定了50多万个潜在的调控元件及全面的增强子-基因调控网络,并通过单细胞ATAC-seq技术对斑马鱼大脑的主要细胞亚型及其特异调控元件进行了预测。研究人员表示斑马鱼综合性调控图谱将为生物医学研究提供重要的资源,也为斑马鱼组织再生研究提供了丰富对照资料。


57.jpg

 

研究人员还通过比较脊椎动物的基因组,研究了三维基因组在进化中折叠之间的关系,并发现不同物种之间的进化断点往往位于拓扑相关结构域的边界区域。

 

此外,研究人员通过结合多种长读长测序技术和Hi-C技术组装了被认为是斑马鱼潜在性染色体的第四号染色体,并大大提高了四号染色组装的准确性,这将对斑马鱼性别机制的研究提供重要的参考资料。

 

合作实验室包括圣路易斯华盛顿大学医学院王艇课题组、宾夕法尼亚儿童医院王凯课题组、宾夕法尼亚州立大学Keith Cheng课题组、Ross C. Hardison课题组、天普大学Glenn Gerhard课题组岳峰课题组成员王小滔,金秋实、王娟、徐洁、宋凡及已毕业成员张博、Yanli Wang、Iyyanki Sriranga、 Tarik Salameh也在本研究中作出重要贡献。

 

相关论文信息:

https://doi.org/10.1038/s41586-020-2962-9


转载本文请联系原作者获取授权,同时请注明本文来自小柯生命科学网博客。

链接地址:http://wap.sciencenet.cn/blog-3423233-1259896.html?mobile=1

收藏

分享到:

当前推荐数:0
推荐到博客首页
网友评论0 条评论
确定删除指定的回复吗?
确定删除本博文吗?