Dlk1-Dio3 locus-derived LncRNAs perpetuate postmitotic motor neuron cell fate and subtype identity
elife https://elifesciences.org/articles/38080
Dlk1-Dio3 locus产生很多lncRNAs from 母源来的染色体（父源印记）: Meg3 (Gtl2)，在干细胞和肿瘤中鉴定了很多功能。本为描述其在神经发育中的功能。头端运动神经元中逐渐富集Dlk1-Dio3 locus lncRNAs, 其中尤其Meg3促进Ezh2/Jarid2相互作用，H3K27me3 landscape正常，从而抑制progenitor基因，并正确调控Hox基因表达，从而塑造有丝分裂后期的运动神经元。
个人观点：Dlk1-Dio3 locus很受关注，与很多疾病相关，本文拓展其功能研究。
Genome amplification and cellular senescence are hallmarks of human placenta development
plos genetics https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1007698
trophoblast giant cells (TGCs)内复制产生多倍体。本文研究人胎盘是否也有此现象，使用extravillous trophoblasts (EVTs)为工具细胞。EVTs按照even manner复制基因组，不同于TGCs. 衰老是胎盘发育中倍性限制的因素。CHM-EVTs病人中，过分的内复制。
个人观点：人胎盘-多倍体-衰老限制倍性。
NANOG Is Required for the Long-Term Establishment of Avian Somatic Reprogrammed Cells
stem cell reports https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2213671118303904
啮齿类动物中首先做成体细胞重编程。本文研究了非哺乳类动物，鸟类（鸡和鸭）原始胚胎成纤维细胞细胞的重编程。需要在canonical OCT4, SOX2, KLF4, and c-MYC的基础上添加NANOG and LIN28。表达很多多能性marker, 但是NANOG and LIN28上调失败。注射到胚胎中有成瘤性，说明未完全重编程。
个人观点：亮点是在禽类做的，但效果仍需改进。
Convergent evolution of complex genomic rearrangements in two fungal真菌 meiotic drive elements
nature communication https://www.nature.com/articles/s41467-018-06562-x
two large multi-gene meiotic drive elements, Sk-2 and Sk-3。谷歌翻译“减数分裂驱动器在自然界中很普遍。 它产生的冲突有望成为进化变革和创新的重要动力。 在这项研究中，我们研究了两种大型多基因减数分裂驱动元件Sk-2和Sk-3的基因组结果，这些元件存在于丝状子囊菌脉孢菌中间体中。 使用长读取测序，我们生成了与减数分裂驱动元件相关的大型，高度分散的非重组区域的第一个完整且注释良好的基因组组装。 系统发育分析表明，即使Sk-2和Sk-3位于相同的染色体区域，它们也不形成姐妹分支，表明独立起源或至少是长期进化分离。 我们得出结论，它们以收敛的方式积累了相似的串联反转和密集重复簇的模式，可能是为了响应类似的需要，在基因之间产生驱动和阻力。”
个人观点：重点词-减数分裂驱动器，进化。但不懂。
The adult human testis transcriptional cell atlas
cell research https://www.nature.com/articles/s41422-018-0099-2
青少年睾丸细胞~6500个单细胞测序，分为five niche/somatic cell types (Leydig睾丸间质, myoid肌样的, Sertoli睾丸支持细胞；睾丸细管中的滋养细胞, endothelial内皮的, macrophage巨噬细胞)，观察到germline与niche相互作用，人鼠的关键不同点。结合计算，分析了生精过程（包括减数分裂）中，编码序列、非编码序列、重复转录元件的signatures. 发现5种离散的精子发生过程中转录/发育状态，其中有一个state 0，一种新的SSC早期状态，进一步用infant的睾丸细胞state 0与young adult的对比。表观性质和初步的转录分析表明精子发生的可塑性。
重点：人的睾丸单细胞表观和转录水平测序，将细胞分类，阐释与生精过程、发育过程关联。
个人观点：材料能获得、测序分析方面比较展现能力。
Generation of Bimaternal and Bipaternal Mice from Hypomethylated Haploid ESCs with Imprinting Region Deletions
CSC https://www.cell.com/cell-stem-cell/fulltext/S1934-5909(18)30441-7?rss=yes
科学网介绍：http://paper.sciencenet.cn/htmlpaper/2018101713495639747563.shtm
单倍体胚胎干细胞体外长期培养，global methylation and imprints逐渐丢失，表现出PGC-like的甲基化谱，结合3（雌）或7（雄）个印记区域删除可与卵子或精子一起，产生单亲来源小鼠。
CRISPR Activation Screens Systematically Identify Factors that Drive Neuronal Fate and Reprogramming
CSC https://www.cell.com/cell-stem-cell/fulltext/S1934-5909(18)30440-5?rss=yes
CRISPRa无偏向筛到促进重编程为神经的因子--这些基因相互作用maps--重编程因子combination fuction 实例--重编程出来的神经元与内源神经元一样的signatures。
【CRISPRa筛选对细胞命运起作用的TF和其他DNA结合因子。一系列筛选先筛选到单基因，然后做成遗传相互作用(GI)图谱，GI图发现未知的促进神经元分化的因素。分析了单独和组合的效果，例如新组合Ezh2和Mecom有效。】
【筛选系统建立--用阳性基因验证系统--通过计算预测的TF&other DNA-binding factors sgRNA librarys (55561, 包含非靶标sgRNAs，排除了2个阳性基因的sgRNAs, 防止他们太阳性了影响筛到别的的信号) from the Transcription Factor Database TRA
NSFAC (total number = 2,428)
we first generated a stable mouse embryonic stem cell (ESC) line that could express CRISPRa components after doxycycline (Dox) induction. We transduced lentiviral vectors that expressed Streptococcus pyogenes nuclease-dead Cas9 (dCas9) fused to the polypeptide SunTag system into E14 ESCs (Tanenbaum et al., 2014) and generated a clonal CRISPRa cell line (named CRISPR-activating mouse ESC, or CamESC)
(A) A lentiviral CRISPRa system consisting of three vectors encoding Tet-On 3G, dCas9-SunTag-mCherry, scFv-sfGFP-VP64, and a customizable sgRNA was transduced into E14 mouse embryonic stem (ES) cells. 】
A new study indicates the possibility to monitor the progression of Alzheimer's disease by monitoring major brain antioxidant levels using noninvasive techniques
ScienceDaily https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181012180854.htm
可以通过GSH的测量对AD病人进行非入侵式supplements诊断。抗氧化剂GSH（glutathione）在brain种有closed和extended两种conformations, AD病人种，closed form的GSH是depledted。但这只是potential diagnonsing and recognizing方法，因为AD病人中extended form的GSH低到什么程度仍没有报道可以测量。
Microfluidic molecular exchanger helps control therapeutic cell manufacturing
ScienceDaily https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181012180857.htm
细胞治疗领域迅速发展，微流控分子交换器通过检测特定生物分子，比如生长因子，评估细胞治疗产生的活细胞的健康状况，为的。
Towards improving accuracy, effectiveness, and efficiency in breast cancer screening
The lancet oncology https://www.thelancet.com/journals/lanonc/article/PIIS1470-2045(18)30589-8/fulltext?rss=yes
传统该方法：数字乳房X线照相术
问题：特别在具有致密纤维腺体乳房的女性中的敏感性和特异性降低，其中上覆结构可以掩盖癌症或模仿不存在的病变。
新方法：数字乳房断层合成(Digital breast tomosynthesis)是上述方法的改进，其围绕乳房的一系列角度上采集多个低剂量x射线投影图像并用于重建准3D图像集。
Drug repurposing: progress, challenges and recommendations
nature reviews drug dicovery https://www.nature.com/articles/nrd.2018.168
数据驱动和实验途径是repurposable 候选药物的方法，但仍存在challenge.
Regulatory T cells in the treatment of disease
nature reviews drug dicovery https://www.nature.com/articles/nrd.2018.148
Regulatory T (Treg) 抑制炎症并调节免疫系统活性。
自身免疫病或接受器官移植的患者，Treg细胞受损。已经在进行临床实验的解决方法：体外扩增重新输回。
相反，癌症患者中，Treg细胞限制肿瘤免疫应答、促进血管生成&肿瘤生长，部分解释癌症中许多免疫疗法失败。正在研究的解决方法：特异减少肿瘤部位Treg细胞功能and/or数量。
本文综述这三种病人种Treg细胞进展。
Therapeutic strategies for Parkinson disease: beyond dopaminergic drugs
nature reviews drug dicovery https://www.nature.com/articles/nrd.2018.136
PD治疗现有策略：侧重解决与dopaminergic neurons相关的dopamin和dopaminergic function的丧失。
近几十年进展：理解和解决PD的神经退行性过程和症状
本文：PD新疗法开发的挑战，新药物（尤其是靶向细胞死亡的），新靶点。
SPOP mutations disrupt phase separation
nature reviews cancer https://www.nature.com/articles/s41568-018-0066-8
SPOP突变-底物结合&相分离异常-原癌蛋白积累-癌症
谷歌翻译：
斑点型POZ蛋白（SPOP）是基于cullin 3（CUL3）的E3泛素连接酶复合物的底物结合亚基，并且通常在前列腺癌以及其他实体瘤中发生突变。
SPOP突变阻断底物募集并导致各种原癌基因蛋白的积累，但是SPOP如何募集底物尚不清楚。
Bouchard，Otero等 发现底物结合是SPOP复合物【在通过相分离形成的无膜细胞器中积累】所必需的。
癌症相关的SPOP突变破坏SPOP-底物共定位和相分离，从而减少底物的泛素化和降解。
这种对SPOP突变细胞中底物积累所涉及的分子机制的更好理解可能为SPOP突变驱动的癌症治疗的发展提供信息。
转载本文请联系原作者获取授权，同时请注明本文来自瞿超科学网博客。
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