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AMBER中mdout_analyzer.py和ambpdb的使用

已有 3374 次阅读 2018-7-22 16:17 |个人分类:技术交流|系统分类:科研笔记| amber, ambpdb

 

以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正!

AMBER中mdout_analyzer.pyambpdb的使用

First release:2018-07-22  Last update: 2018-07-22



本文内容基于Amber最新版本Amber18

mdout_analyzer.py 是快速分析sander和pmemd计算得到的out文件中的能量的脚本,需要安装numpy和matplotlib包。使用方法如下:

mdout_analyzer.py <mdout1> <mdout2> <mdout3> ... <mdoutN>

所有的mdout文件将组合到一起。会打开一个GUI窗口,按钮中包含了所有的能量组分,可以对每种数据进行单独的分析。


这种方法看起来很简单,其实有点复杂。可以用另一个脚本代替:

process_mdout.perl md1.out md2.out ... mdn.out

process_mdout.perl 是amber进行能量分析的perl脚本,能够从mdout文件中提取出所有信息,包括温度、压力、势能、密度、体积等。



    ambpdb是将amber中的坐标文件转换成pdb文件的工具,其用法如下:

ambpdb -p prmtop -c md1.rst > 1.pdb

其中-p表示参考拓扑文件prmtop中的原子名称信息,-c表示载入模拟的坐标,可以读取所有cpptraj能够识别的文件。也可以加上-mol2,输出包含所有原子成键信息的mol2文件。



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