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Amber和Gaussian联用计算RESP原子电荷

已有 4762 次阅读 2018-3-17 20:06 |个人分类:技术交流|系统分类:科研笔记| RESP, 原子电荷, amber和高斯联用

 

以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正!

Amber和Gaussian联用计算RESP原子电荷

First release:2018-03-17  Last update: 2018-07-22



原子电荷,顾名思义就是位于原子中心点的电荷,是对体系中电荷分布最为简单的描述。原子电荷可以帮助化学研究者们考察分子的性质,预测反应位点等。另外,原子电荷对于计算化学工作者来讲也非常重要,如计算分子描述符建立虚拟筛选模型,在分子动力学模拟中考察静电相互作用等等。

既然原子电荷对于计算化学和非计算化学工作者来讲都很重要,那么有哪些原子电荷呢?这个可以参考sobereva老师的文章《原子电荷计算方法的对比》,其中am1-bcc和resp电荷计算方法在很多计算方法中有一定的优势,但是读者切不可盲目,应根据自己研究的实际情况来选择原子电荷计算方法,否则得不偿失。

下面将为大家简述一下RESP电荷计算方法:

是对化

学体系中电荷分布最简单、

最直观的描述方式之

.

它有很多重要意义

,

比如帮助化学工作者研究

1、构建分子的结构文件,并存为.mol2文件


2、采用gaussian优化结构

关键词如下:

#p HF/6-31G* SCF Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) iop(6/50=1) opt

并在坐标的末尾输入两行,分别是“ligand_ini.gesp”和“ligand.gesp”,保存为ligand.gjf文件

用Gaussian计算ligand.gjf文件,g09 ligand.gjf ,计算完成后得到ligand.out文件(不同分子耗时不同)


3、采用amber拟合resp电荷

antechamber -i ligand.out -fi gout -o ligand_resp.mol2 -fo mol2 -pf y -c resp

计算完成后得到ligand_resp.mol2文件中即包含了所有原子的resp电荷。



如果后续要做分子动力学,则需要将该ligand_resp.mol2文件转换为小分子的力场文件,计算过程如下:

antechamber -i ligand_resp.mol2 -fi mol2 -o ligand_resp.prep -fo prepi


parmchk -i ligand_resp.prep -f prepi -o ligand_resp.frcmod



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