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批量下载Zinc数据库中小分子

已有 10277 次阅读 2018-1-31 15:19 |个人分类:软件学习|系统分类:科研笔记| Zinc数据库, 虚拟筛选, 分子对接, 批量下载

以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正!

批量下载Zinc数据库中小分子的方法

First release:2017-01-31  Last update: 2018-01-31

Zinc数据库不用多说,大多数化学研究的工作者都“如雷贯耳”,但是真正使用过的人却很少,本文为大家介绍下载Zinc数据库中的小分子的方法,为做药物筛选的初学者提供帮助。

1、打开Zinc数据库网站:http://zinc.docking.org/


2、点击Download,进入下载页面,有不同形式的分类和相关信息,选择自己感兴趣的分类方式:

3、选择Windows下,用脚本下载数据,本文下载了Lead-Like的mol2格式文件:

4、用文本编辑器查看usual.mol2.bat的内容,是一些简单的语句,但是需要用到wget这个命令,但是Windows 系统中一般没有这个命令,因此,我们需要安装 wget  模块;


5、下载wget编译好的文件:http://www.interlog.com/~tcharron/wgetwin.html ,如果打不开,可以下载网盘上的https://pan.baidu.com/s/1pLZb7E7

6、解压到某个路径即可,设置环境变量Path,如解压路径是D:\program files\wget\wgetwin-1_5_3_1-binary,将此路径添加到Path即可,如果不懂怎么设置环境变量,可以参考http://blog.sciencenet.cn/blog-3373966-1090704.html  的内容

7、最后就可以运行批量下载.bat脚本了,一般根据分子数量不同,所耗时间也不一样


最后就可以开始愉快的虚拟筛选过程了!


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