- 系统生物学的哲学基础

1968年美国西保留地大学举办的国际系统论与生物学会议Mesarovic D.提出系统生物学术语，1993年国际一篇文献德国Tolle TR.等再度提到系统生物学词汇；但是，包括，1993年之前的数学生物学、计算生物学和2004年之后的网络生物学，都是理论生物学概念。

1983年美国Seeman N.提出DNA纳米生物学概念，1992年美国华人Liang P.提出mRNA差异显示分析技术等，从而，进入理论与实验、计算与工程方法的生物系统与人工生物系统研究的概念。

21世纪的系统医学与系统生物工程等概念 – 生物系统的理论与实验、计算与工程研究方法，中国Zeng BJ.提出于20世纪90年代，经历中国和海外2个阐述时期*。

国内时期：1992年-1993年发表系统医药学等概念和结构论等，1994年发表系统生物工程、系统遗传学概念和转基因禽类输卵管生物反应器等。

国际时期：1996年筹备国际协会与会议和1999年建立系统生物科学与工程网等，阐述生物系统理论和系统生物工程等，2003年在第19届国际遗传学大会阐述系统遗传学概念和原理等。

1999年之后，美国华盛顿大学分子生物技术系Hood L.、日本e-cell课题组H.Kitano论述组学的实验生物技术和计算机软件模拟的计算生物学。再后，美国Knight T.和E.Endy等论述工程方法和工程系统生物学的合成生物学概念；但是，2000年之前，合成生物学是化学合成和DNA重组技术概念。

1983年形成和1986年著述、1993年发表的结构论是系统的自组织理论，阐述了系统科学与综合（synthetic）哲学和提出结构整合、稳态调适和建构分层等3条规律。生物系统的结构理论，建立在生物进化论和形态发生的图论、拓扑学原理上，也是有机体的机器哲学和人工设计概念基础上。

近现代实证科学的建立，就是基于工程技术和数学方法的概念，或机器构造与设计的哲学思维**，生物科学要成为可以实践应用的知识体系，也必须是建立在可以人工设计与制造的机器观念上 - 生物机器和结构理论；但是，有机体机器是活的机器，需要新的科学方法和技术发展。

附：科学范式，涉及到科学历史、方法和哲学，也涉及到文化、社会和建制等。

* - 1985年大学毕业到1993年任讲师，经历8年系统与科学哲学思考；然后，组织1996年国际转基因会议任秘书长，转入国际化交流。1997年留学海外到2003年任研究员和主持基金会课题经费，经历6年时间；然后，转入文化与社会哲学探索。

** - 参见http://blog.sciencenet.cn/blog-39472-761417.html

（美国韦斯特福尔的《近代科学的建构》导言概括说：“两个主题左右着17世纪的科学革命 - 柏拉图-毕达哥拉斯传统和机械论哲学。柏拉图-毕达哥拉斯传统以几何关系来看待自然界，确信宇宙是按照数学秩序原理建构的；机械论哲学则确信自然是一架巨大的机器，并寻求解释现象后面隐藏的机制。”）

-（1983年-2013年探索）-