系统与合成生物学的哲学，源自于生物是自组织*的机器，系统与合成生物学互为生物系统的科学与工程概念，也是天然与人工生物系统的反求与正向工程。

组学（omics）生物技术和计算机（in silico）软件模拟（simulation）是生物系统的分析方法，而计算机辅助工程设计和系统的转基因技术是合成生物学的方法。

20世纪，在中关村中科院微生物研究所 – 中国最早引进质粒DNA、基因合成与测序仪器、差异显示分析仪器和转基因生物技术中心，也是最早internet在线检索NIH基因库，开展计算机辅助设计基因和载体分析的生物信息技术和资源数据库中心；因而，能够将生物系统理论、系统生物工程等概念与基因设计、转基因技术和差异表达分析等结合起来。

2010年文特尔研究所的人工合成细胞论文，确实体现出设计与实验的完美；然而，技术途径的原理却很简单，20世纪90年代在中关村我设计过全基因合成的DNA片段组装方法，而文特尔研究所的基因组合成方法，原理一致，只是系统设计和规模更大。胡德的分子表达谱的组学数据系统测量，T.Ideker论述到以1992年Liang等提出mRNA差异显示分析为起点，其实，基因芯片等，就是基因差异表达分析、蛋白质层析等技术发展。

注*：

阅读HV.Westerhoff等编“Systems Biology- philosophical foundations”，其中EF.Keller论及康德第1个用自组织（self-organization）词汇，加上知识的合成概念和斯宾塞的综合哲学等，可能追溯生物进化论和化学合成的思想起源。

-（文献阅读 – 随记）-