- 比较历史学研究

科学研究需要增加一个历史学研究，包括，科学与哲学、医学和艺术等历史，以及中西方同时比较、历时追索（侦探加科幻、设想与验证思维，其实，也就是科学方法）研究。

所谓科学方法，就是寻找真实，包括：

1）采取实验，自然科学是实验设计与操作、社会科学是社会试验与调研；

2）再加上模型，包括数学的模型（比如，计算机模拟）和实体（比如，转基因动物）型的模型。

始终不要离开一个科学方法的基本原则 - 理论方法与实践方法的整合与交互，理论包括分析与综合，实验包括技术与工程，从而构成一个偶合，或中国文化的“阴阳”*整合模式，这是结构论的核心思维。

生物学从观察方法到19世纪实验范式的建立，以及进入到分子层面应用了物理学、化学实验方法和技术，20世纪系统理论、计算机发展而60年代提出1）系统理论和2）数学方法的生物系统（或拓扑网络）研究；然而，在90年代发现这仍然存在缺陷，于是倡导引入3）实验与4）计算生物学方法，也就是说 - 系统生物学是1）-4）方法整合多维度的科学概念，人工生物系统是其应用，即，20世纪的生物工程在系统生物学基础上实现真正可以工程化人工设计（或基因组合成）的学科。

关于理论预测、试验检测的方法，系统生物工程、合成生物学也如同转基因动物、细胞突变系一样作为模型应用于生物系统机理的研究；所以，系统生物学与生物工程是偶合概念，1999年也是以偶联科学与工程的方式定义。

以往的生物学、生物工程研究范式转换到新的范式，将应该是新的视野和工具而能够带来以往方法做不到的新知识、新规律发现和建立新的设计原理和技术等。

附*：

科学范式，严谨的概念，包括：1）科学概念、原理和方法；2）科学组织、协会和传媒等建制的整体，科学建制属于科学的社会学和科学的科学范畴，科学概念、原理和方法等属于科学哲学的范畴。

科学革命是科学范式的转换，也就包含了以上阐述的2个方面：1）理论层面，逻辑学、数学、理论和方法论等；2）技术层面，也就是实验工具、仪器发明、操作技术等；因为，伽利略奠基的实验科学范式，就是将逻辑、数学方法与技术、仪器发明的结合。

比如，

1）1864年贝尔纳提出实验医学（生理学）建立在物理、化学技术应用上；

2）1968年Mesarovic D.提出系统生物学实际是理论和数学方法的生物系统（生理学与生物化学）研究 - 导致1992年之前没有出现过第2次，而由理论生物学模式发展；

3）1992年曾（杰）邦哲提出系统医学（遗传学与生物工程），倡导理论与实验、计算与工程方法的生物系统与人工生物系统研究，即 - 实验生物学->理论生物学->系统生物学的发展路径，实际上，21世纪系统生物学是实验生物学与理论生物学的再度整合 - 体现在组学生物学与计算生物学、合成生物学与网络生物学等学派。

- 2013年8月（辑要总结） -