恰好拓扑对应于轴心文化结构，山东与山西分别显在儒家与心学传统，湖南和江苏分别长于道家与理学传统，近现代依然可看到湖南出哲学家而科学家多出自江苏。

希腊文明以东罗马拜占庭延续至1453年，印度文明到1526年为莫卧儿帝国取代，西罗马早在阿提拉（406年-453年）就败于匈奴帝国，而13世纪兴起的蒙古帝国4大汗国扩张到黑海、波斯湾的欧亚大陆。

欧洲在查理曼（742-814年）帝国的基础发展起来，通过阿拉伯（630-1258年）的东西方文化融合（希腊-罗马思辨理论和中国-东方实践技术），14世纪至17世纪的文艺复兴导致了近代欧洲文明的建立；然而，可看到意大利宗教-法国人本、德国理想-英国实用的文化结构拓扑转换。

文化交流与交通网络构成文明拓扑演化的背景，而科学发展具有网络结构与集群效应。

比如，1999年-2003年系统生物学体系的形成：

组学（omics）生物技术集群 - G. Church、L.Hood、R. Aebersold等；

计算机（in silico）软件与设计集群 - D.Nobel、H. Kitano、M.Tomita、Arkin AP.等 - 1999年Tomita在美国时与Wenter署名发表e-cell模拟（simulation）的论文；

DNA分子和生物计算机集群 - N.Seeman、T.Knight等；

生物化学系统论与代谢控制论集群 – 细胞分子系统数学模型，E.Voit、DB.Kell和Wolkenhauer O.等；

数学与网络生物学集群 – 图论、网络拓扑学，S.Leibler、A-L.Barabási等；

形态发生与细胞动力学集群 – 细胞周期、图式（pattern）发生，BJ.Zeng、M. Kirschner等；

代谢和发酵工程集群 – 细胞工厂，B.Palsson、J.Nielsen等；

生物分子合成与细胞设计集群 – E.Kool、S. Benner、C.Venter等；

信号传导与基因工程集群 - J.Collins、van Oudenaarden等；仅以1999年-2003年独立实验室的独立科学家为第1代，其共同发表论文的博士生都称为第2代。

硅谷之为硅谷，在于科学研究、技术开发与产业转化的企业家、科学家、发明家和金融家群体积聚区域，或称“产业社区”。科学知识的体系结构形成也是如此，实际上以集群或“学术社区”之间通讯链为信息传递与知识发现节点构成网络结构的发展。