近现代文明，指文艺复兴、地理发现之后的欧洲文明，在意大利建立大学，在荷兰建立股市，形成了政与教、政与商的分离体制，中国古代是儒释道分立体制，欧洲建立社会、精神、自然哲学与科学和虚拟、知识与制造经济形态，这是文明发展的历程。
中国诸子百家，属于学科分类，其中，法家、兵家 - 为社会实践，农家、医家 - 是应用科学，画家、作家 - 属人文艺术，墨家基本是工程传统等，近代实证科学是逻辑、数学和技术的方法结合。中国古代发明了科举体制（即现代公务员），希腊-罗马是思辨逻辑和概念分析的传统、研究院和议政选举的政务体制。

20世纪系统生物学的理论、概念、方法和技术等均已经建立，包括1968年提出系统生物学和1992年-1994年系统医药学、系统遗传学和系统生物工程。1996年-1999年是借助互联网技术的规模化国际通讯，以及倡导理论和实验、计算与工程方法的生物系统与人工生物系统研究概念，2000年之后是研究机构设置和国际会议举办的迅速发展时期。

其中，实验技术包括物理、化学生物学和组学（omics）分子生物学等，2005年国际论述合成生物学为工程系统生物学，计算机方法（in silico）包括计算生物学和生物信息学等，生物网络包括20世纪50年代到70年代神经网络、免疫网络理论和90年代的信号传导、基因调控网络等。