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系统生物学中的波与粒现象

已有 1860 次阅读 2012-12-20 09:43 |个人分类:发现|系统分类:科普集锦| 生物学, 系统

系统生物学(systems biology)在60年代提出到1993年重见于Zieglgansberger W Tolle TR的论文之间,几乎都是以“理论生物学”来标示;因而,在1999年重新提出之时,形成了2大阵容之争,以下该文属于理论和数学(及计算机科学)传统的系统生物学家(包括Nobel D.等)蕴含论辩的典型表述之一。
‘Systems Biology is not the Biology of systems, nor is the chemistry/physics/molecular genetics of molecules in biological systems.  It is the difference between the two.  It studies how new properties that are functionally important for life, arise in interactions’.  This is the definition that we (Lilia Alberghina and Hans Westerhoff) use.  It is better however to define a field by examples and by statements of its leading authors.  A number of key scientists in the Systems Biology field have therefore each:
  • mentioned if and to what extent their definition of systems biology differs from the above
  • described the method or findings they contributed to systems biology
  • discussed recent developments and what needs to be done next in systems biology
到了90年代,mRNA差异显示和基因芯片(micro-arrays)技术的高通量化实验涉及大量数据分析的仪器和软件,而代谢工程和基因调控网络的基因工程等涉及到大量数据分析的计算机软件辅助设计等,从生物技术和工程科学展开研究构成另一个传统。

实际上,世纪之交概念提出有3个思路及差异:
1)80年代到90年代曾邦哲(Zeng)是从系统科学的理论(尤其Rosen R.)、拓扑学和中西医学比较提出,而以分子生物技术、计算生物技术和转基因生物工程等方法在细胞分子系统层面的论述 - 核心观点是理论(数学)、计算和实验、工程(技术)结合研究;
2)北野宏明(Kitano)是从计算生物学(in silico)细胞信号传导模型(e-cell)和数据分析软件等的论述;
3)胡德(Hood)是从生物仪器的芯片技术和组学(omics)实验方法的计算机数据分析的论述。



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