贝塔朗菲提出过机体（organism）生物学、机体心理学和理论生物学，理论生物学采用数学模型的生物系统研究，并发展到数学生物学和计算生物学。

1999年M. Tomita和文特尔等发表e-cell信号传导网络模型，日本Sony公司e-cell合作组H. Kitano的论文多发表在理论生物学杂志，也是在1999年开始采用系统生物学词汇论述in silico方法和S. Leibler的代谢系统鲁棒理论等，属于生物信息学和生物软件技术的延伸，2002年称为计算系统生物学，但E. O. Voit等论述80年代已经采用计算机方法建数学模型；因此，可称系统生物学的计算生物学学派，包括英国的D. Noble等。

2001年德国O. Wolkenhauer发表以系统论方法的系统生物学研究提及Principia Cybernetica Web网(2000年元月有链接我的网站)，包括英国D. B. Kell和H. V. Westerhoff等属于理论生物学和生物数学体系延续下来的路径，可称之为系统生物学的理论生物学学派。

1999年我采用“genomic intelligence”和转基因技术、仿生学等整合，并以4颜色绘制概念图 - 含有病毒转染转基因、细胞通讯信号传导、细胞内分子元件电路、核酸与蛋白质信息转换到神经元树状网络、蝴蝶形态图式等，表达系统遗传学和生物工程概念。

如果，组学（omics）系统生物学体现的是实验方法和生物技术仪器设备，计算生物学建立计算机模拟（simulation）和生物系统分析软件，理论生物学建立数学模型和系统理论等；那么，工程生物学是设计与合成人工生物系统，合成（synthetic）生物学一词即有化学合成，也有系统综合、部件装配（assemble）和计算机图形合成等含义，包括构成生物系统的人工生物分子，比如，多肽核酸和XDNA等，以及分子元件设计和系统模块组装等。

美国N. Seeman提出DNA纳米生物技术和研究DNA分子计算机，1999年之后T. Knight从纳米DNA计算机研究转向细胞计算机的基因工程方法。工程或合成生物学包括J. Nielsen等的代谢工程和细胞工厂等研究领域。

续，系统医学 – 回忆录。