近现代科学方法论 - 属于科学哲学的范畴，建立在思辨哲学与工程技术交汇的过程，奠基在培根和笛卡尔的逻辑学和实验-数学方法基础上，并形成了物理-化学、社会-语言和生物-心理等研究的科学体系，经历工业革命和工艺美术运动，手工业转换到规模化制造模式，20世纪初的物理学革命和认知-人工科学建立。

在20世纪90年代之前，系统生物学（1968年和1993年）与合成生物学（1910年和1974年、1980年），实际上是理论生物学与分子生物学，1992年之前与之后的系统生物医学词汇也不同概念。

在1992年-2003年BjZeng重新定义而转换到理论与实验、计算生物学方法结合的生物系统，以及工程方法的人工生物系统研究 - 系统生物学与系统生物工程的BSSE体系等，构成系统医学的社会-心理-医学模式的生物学基础。

从1983年BjZeng的结构论纲领到1992年系统医学和1994年系统遗传学与系统生物工程提出，图论-网络拓扑分析方法和太阳能-生物电子技术设计，构成系统与合成生物学-BSSE（生物系统的科学与工程）体系的核心。

2003年系统与合成生物学的概念共识，而后，国际上系统医学-系统遗传学、系统生物工程-合成生物学的体系发展了起来。在2007年-2011年BjZeng论述科学-技术革命与工业革命，以及2012年阐述工程医学模式。

中医药理论的现代化语言诠释，采用图论-网络拓扑学的方法，与同冯诺依曼计算机模型和神经网络方法，深入到分子细胞生物学层面的生物系统原理与人工生物系统设计，并在机器硬件与软件双层系统的仿生学研究。

生物系统的结构论，探讨生物系统与自组织化的机理，比如，细胞进化与发育的生命现象，包括，复杂生物系统发育与形态发生，以及基因组结构的进化与组织化模式等。

一个学科的建立与发展，往往是以往理论和方法遇到发展的瓶颈了，需要新的思维方式和方法体系，才能解决相应的科学问题，而后，又必须辨析不同的科学范式-方法和医学-工程等模式 - 包括，科学原理与艺术设计结合的实践应用，以及学科发展的历史考察；因而，这是一个漫长而又复杂的探讨过程。

注：语言和逻辑的基本单元是词汇和概念，相同词汇也可能表述的是不同概念；因而，概念的定义或理解是讨论或交流的前提。

-（2017年网络日记）-