PacBio数据处理中chemistry 组合错误
2018-3-17 07:05
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标签:PacBio
运行PacBio的软件时, 有时会得到这样的错误信息“unsupported sequencing chemistry combination ”。 这是由于软件对特定的数据不支持造成的。解决方法如下:
1. 下载补丁包
https://blog.ngsgo.com/archives/2767.html
2. 下载最新的 chemistry文件:
https://github.com/PacificBiosciences/pbcore/blob/master/pbcore/chemistry/resources/mapping.xml
改名为chemistry.xml
3. 将2中的文件替换1中的对应文件,并将文件夹上传到服务器。
4. 设置
cd /xxxx/tools/smrtlink/chemistry
export SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR="${PWD}"
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