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生物信息学与精准医学培训班

已有 6951 次阅读 2016-3-8 14:17 |个人分类:精准医学|系统分类:科研笔记



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      非编码RNA (non-coding RNAs, ncRNAs) 在生命系统调节和人类疾病发生过程中的作用,已为大量的科学发现所证实。对非编码RNA的研究 ,目前正在深入进行,新的发现不断涌现。 上海伯豪生物技术有限公司作为一家从事生命科学研究技术服务的CRO企业,十年来全力助推非编码RNA的研究,积累了丰富的经验,也深切体会到众多客户对实验设计和实验数据分析的关注。
      本期网络课程主题是非编码RNA研究。课程内容分六次播出,每次约一小时。
      网络课程采取积分制,每参加一次网络课程即可获得20积分(以课程直播时后台登陆听众列表为准),本期课程结束后累计获得80积分以上者可获得上海伯豪颁发的“非编码RNA研究培训合格证”

非编码RNA研究专题

日期(年-月-日)

课程内容

2016/3/1

circRNA芯片解决方案/数据分析解析
(circRNA的数据挖掘-ceRNA调控机制分析)

2016/3/8

circRNA测序解决方案/数据分析解析
(circRNA调控方式解析,circRNA测序原理,circRNA测序数据分析策略(circRNA鉴定,新circRNA预测,差异表达分析,circRNA-miRNA调控网络构建))

2016/3/15

lncRNA芯片解决方案/数据分析解析
(如何通过共表达网络分析预测lncRNA功能)

2016/3/22

lncRNA测序解决方案/数据分析解析
(lncRNA研究策略解析,lncRNA测序数据分析策略)

2016/3/29

miRNA芯片解决方案/数据分析解析
(microRNA与外泌体(exosome)研究进展)

2016/4/5

miRNA测序解决方案/数据分析解析
(miRNA研究策略解析,miRNA测序数据分析策略)

 报名方式: 
1. 
在线注册:上海伯豪会议在线注册
2. 微博注册:关注@上海伯豪并私信报名
3. 微信注册:点击上海伯豪公众号菜单市场活动——会议报名,提交。
                    或回复我要报名至上海伯豪公众号进行报名。
4. 邮箱注册:将活动注册表填好后发送至market@shbiochip.com 

会议联系方式: 

联系人:彭先生(021-51371863) 联系邮箱:market@shbiochip.com



上海伯豪生物技术有限公司

技术服务热线:800-820-5086 / 400-880-5086
地址:上海张江高科技园区李冰路151号
电话:021-51320288-8136 传真:021-51320266
技术服务网站:http://www.shbio.cn



多组学实验及数据分析系列研习会(第五期)之转录组、蛋白质组和代谢组学



      在后基因组时代,生命科学研究开始进入系统、全面、动态的功能探索阶段。多种高通量的研究策略如基因组测序、转录组测序、小RNA测序、蛋白质组定量实验和代谢组学被组合应用到同一个课题研究中,在原先单个平台产出数据分析挖掘的的基础上增加了多个实验平台产出数据的整合分析。本系列研习会将深入探讨转录组、蛋白质和代谢组的实验方法、研究策略、实验设计和数据分析,并介绍转录组和蛋白质组实验整合研究的案例,研讨内容由多年实践经验的科研和技术人员进行讲解和带领数据分析的实际上机操作。

主办单位:上海生咨生物科技有限公司
协办单位:上海市药物转化工程技术研究中心
支持单位:上海维基生物, 上海众信生物,武汉安隆科讯
网络媒体支持:科学网,生物通 
时间:2016年4月25日-4月29日
地点:上海中电大酒店,上海市浦东新区南泉北路1029号中电大厦(近张扬路)

4月25日(周一)下午14:30-17:30 或4月26日上午8:30-9:30注册

4月26日(周二)
上午(9:30-12:00)

1.1 基于质谱技术的蛋白质组学研究
1.2 修饰蛋白质组学研究

4月26日(周二)
下午(13:30-17:30)

1.3 蛋白质组学数据分析搜索引擎
1.4 质谱搜库软件演示和maxquant上机实习
1.5蛋白质组学数据分析
1.6 Mev软件上机

4月27日(周三)
上午(9:00-12:00)

2.1蛋白质组常用数据库和网站
包括NCBI、UNIRPOT数据库资源,Gene Ontology,KEGG网站介绍
2.2 维恩分析,GO分析,KEGG分析上机

4月27日(周三)
下午(13:30-17:30)

2.3 当代蛋白质组学研究方法综述
2.4蛋白质组学在肿瘤研究中的应用
2.5蛋白质组学在药物研究中的应用
2.6采用cytoscape进行蛋白蛋白相互作用网络构建和计算

4月28日(周四)
上午(9:00-12:00)

3.1 转录组测序数据分析及其在临床医学方面的应用研究

4月28日(周四)
下午(13:30-17:30)

3.2 转录组测序在农林方面的应用研究
3.3 转录组和蛋白质组整合分析案例介绍

4月29日(周五)
上午(9:00-12:00)

4.1 LC-MS、GC-MS、CE-MS在代谢组学中的应用
4.2靶向代谢组学及脂质组学介绍

4月29日(周五)
下午(13:30-17:30)

4.3 NMR技术基础及其在代谢组数据处理中的应用
4.4 多组学数据分析案例
4.5多维统计分析(SIMCA-P软件)及LC-MS数据解析
4.6聚类分析、富集分析、网络模型构建

注:
1.课程具体安排以报名当天的课程表为准;
2.因需上机练习,请自带笔记本电脑,默认是windows系统,若安装的是linux或苹果iOS请自行下载上机软件。我们所讲解的软件均是可以免费获取的,但可能有操作系统的限制。


收费标准

  1. 标准费用4000元/人(含资料费和中餐)

  2. 仅报名4月26日、27日蛋白质组学课程 2600元/人(含资料费和中餐)

  3. 仅报名4月28日、29日转录组和代谢组课程2600元/人(含资料费和中餐)

其他优惠:

  1. 学生可凭有效学生证优惠200元

  2. 同一单位2人以上参会,每人优惠200元。

  3. 2015年4月1日之前汇款优惠100元,以汇款回执时间为准。

  4. 上海市药物转化工程技术研究中心科研合作伙伴, 上海生咨生物科技有限公司客户、之前参会的学员推荐者优惠200元。

以上优惠可以同时享受。
      会议盖章邀请函和发票于会议结束前发放;
      交通住宿费用自理,住宿需提前一周预定;
      提前汇款者安排前排座位。
      住宿协议酒店为 上海上海中电大酒店,豪华标准间/大床房 300元/天(含双早),合住每人150元/天(若无法找到合住人需补差价)。

付款方式:

  1. 汇款至 上海生咨生物科技有限公司 

开户银行:中国农业银行上海奉贤环城东路支行 
汇款帐号:03805500040008016 
      请在汇款前与我们电话联系,汇款后将回单电子邮件发给我们,以便我们确认,汇款请注明“研习会+姓名+手机尾号”。
联系人:
许丹丹 (ddxu@biorefer.com1377122204@qq.com)
手机:189-1780-5836; 座机:021-31131531
  • 报到当天现金支付或者刷卡。


    讲师信息:

    戴文韬
      博士,毕业于中科院生物物理所,从事生物信息学研究多年,利用数据挖掘和机器学习方法从事生物大分子模拟分析,组学数据分析挖掘等工作。发展了进行蛋白结构模型质量评估和蛋白相互作用界面预测的算法,开发了在国内处于最高精度的蛋白结构预测服务器。 

侯辰瑞 
      资深蛋白质组学工程师,具有超过10年的蛋白质组学方向的从业经历,承接过大量的不同类型、不同物种的蛋白质组学服务项目,在实验设计和实施上有丰富的经验。

何有裕 
      上海众信生物技术有限公司经理,具有超过15年的生命科学方向的从业经历,尤其在高通量测序方面有丰富的实验设计和数据分析经验。

库鑫 
      博士2007年毕业于华中科技大学同济医学院,获学士学位。同年9月被保送至中科院上海药物研究所并于2010年取得硕士学位。2010年10月至2014年6月在德国慕尼黑工业大学(Technische Universit?t München)生物分析与蛋白质组学研究所(Prof. Bernhard Kuster)攻读博士学位,专业方向为基于串联质谱的蛋白质组学在肿瘤药物研究中的应用。现任职于上海交通大学系统生物医学研究院,研究方向为肿瘤相关生物标志物的发现和蛋白质糖基化修饰的研究。库鑫博士长期从事肿瘤蛋白质组学的相关研究,在国际期刊上发表过多篇相关论文。

徐志平
      毕业于湖北大学,主修遗传学,从事分子生物学和微生物学相关研究,曾供职于光明乳业股份有限公司华中研究所,发表多篇相关SCI学术论文。在就职于Anachro Technologies Inc.接受Chenomx Inc. 公司(基于核磁共振代谢组目标性分析法的创始者)原厂技术人员的专业技术培训及指导,专注于代谢组分析方面的工作,其中包括使用Chenomx Inc.公司的专利化技术“目标性分析法”提供代谢组样本分析服务、高通量代谢组样本分析的实现,以及多种分析技术在代谢组分析中的交叉互补研究。迄今为止已为全球10个国家的研究人员完成超过20000个样本的代谢组数据分析。

于复东 
      博士、副研究员。2008年1月毕业于中国科学院上海生命科学研究院,获生物信息学博士学位。毕业后一直从事二代测序等高通量数据分析、肿瘤基因组学、及相关数据库开发和分析平台建立等生物信息学研究工作。目前主要从事肿瘤基因组学方面的研究工作,运用系统生物学的方法研究可以应用于临床早期诊断、预后、复发和转移相关的分子标志物基因及其功能等。近年来作为项目负责人完成了国家自然科学基金、上海市博士后基金、上海市白玉兰科技人才基金各一项,作为生物信息学分析平台负责人完成传染病重大专项课题一项,作为技术骨干参与完成863计划项目一项,累积发表SCI论文十余篇。

俞鸿 
      上海生咨生物科技有限公司经理,资深生物信息学工程师 具有超过10年生物信息学分析经验。参与了水稻基因组、家蚕基因组、人肝蛋白质组计划以及其他的国家973、863计划及国家自然科学基金等项目。主要从事蛋白质组、基因组方向的数据分析.

吴谦
      博士,副研究员,上海生物信息技术研究中心质谱平台负责人,从事质谱研究十多年,近年研究方向主要为蛋白质组学、代谢组学及质谱定量分析新方法开发。

往期研习班照片回顾,网址:http://www.biorefer.com/biorefer/html/meeting/

 

0425照片墙

 

蛋白质组学实验设计和数据分析研习会 
2015年4月23日-4月27日

 

2015年11月17-21日多组学会议照片_副本
多组学实验及数据分析系列之转录组与蛋白质组、
代谢组学(第四期)
 
2015年11月17日-11月21日

会议地点及交通路线: 

地点:上海中电大酒店,上海市浦东新区南泉北路1029号中电大厦(近张扬路)

  • 上海虹桥机场(二号航站楼)距离酒店19.8公里;乘出租车约43分钟,约110元可到酒店。坐地铁2线号到东昌路站下3号出口南泉北路口步行10分钟。

  • 上海浦东国际机场距离酒店40.6公里;乘出租车约56分钟,约130元可到酒店。坐地铁2号线到东昌路站下3号出口南泉北路口步行10分钟。

  • 上海火车站距离酒店9.5公里;乘出租车约26分钟,约70元可到酒店。坐地铁1号线到人民广场站转地铁2号到东昌路站下3号出口南泉北路口步行10分钟。

  • 上海火车南站距离酒店15.5公里;乘出租车约44分钟,约100元可到酒店。坐地铁1号线到人民广场站转地铁2号线到东昌路站下3号出口南泉北路口步行10分钟。

  • 上海市地铁9号线到商城路站下2号出口步行5分钟。

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生物信息软件与数据库应用班研讨班

尊敬的老师: 
      您好!
      随着生物信息学的广泛应用,相关的专业软件与公共资源数据库的重要性越来越明显,即使您对一些软件有所了解,也会在实际工作中有技术难题,深入了解不足。为此,北京市计算中心生物计算事业部特举办《生物信息软件与数据库应用精讲班》专题研讨班,详细讲解一些常用生物信息学软件、工具与数据库应用技术、实例分析等,通过习题来加深学习效果,提高培训效果。名额有限,欢迎报名!请点击了解更多详情>>

主办单位:北京市计算中心,生物计算事业部
培训地点:北京海淀区丰贤中路7号3号楼,北京市计算中心三层会议室
课程时间:2016年4月6-8日
课程安排:请点击浏览,谢谢!



联系人:
韩海平 13121228066    邮箱:haipinghan@163.com
 

会议通知及回执下载:
      生物信息软件与数据库应用班研讨班通知 .doc    报名回执表 .doc

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生物信息软件与数据库应用班研讨班

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      随着生物信息学的广泛应用,相关的专业软件与公共资源数据库的重要性越来越明显,即使您对一些软件有所了解,也会在实际工作中有技术难题,深入了解不足。为此,北京市计算中心生物计算事业部特举办《生物信息软件与数据库应用精讲班》专题研讨班,详细讲解一些常用生物信息学软件、工具与数据库应用技术、实例分析等,通过习题来加深学习效果,提高培训效果。名额有限,欢迎报名!请点击了解更多详情>>

主办单位:北京市计算中心,生物计算事业部
培训地点:北京海淀区丰贤中路7号3号楼,北京市计算中心三层会议室
课程时间:2016年4月6-8日
课程安排:请点击浏览,谢谢!



联系人:
韩海平 13121228066    邮箱:haipinghan@163.com
 

会议通知及回执下载:
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“基因组科学”(28期/总48期)研习班通知
开 班 时 间:2016年4月22日-29日(其中22日全天报到)
上 课 地 点:杭州浙江大学华家池校区
我要报名
随着众多生物基因组测序项目的完成,生物学数据正在加速度增长。如何科学地分析和注释这些高通量数据,已成为生物学工作者急需学习和解决的问题。
浙江大学“基因组科学”研习班邀请北京基因组所于军教授、胡松年教授为您讲授基因组学基础知识和前沿进展、基因转录组的测定及分析、基因芯片、二代测序等实验技术的关键事项;浙江大学杨军教授、陈铭教授等讲解系统生物学及高通量分析研究方法和思路。
  
本研习班多次获得浙江大学优秀项目创新奖,目前已举办47期,学员来自全国30余个省市,累计培训学员5000余名。每次研习班不乏教授、博导参加,更受到博士后、硕博生等年轻学者的青睐。他们中有一些带着课题或问题前来交流和联系,不少学员通过本研习班建立了长期协作关系,共同申请国家973、863课题,共同发表论文,其中不少优秀的研究成果,已在SCI期刊上发表。
 
一、培训班上课内容
上课内容涵盖“基因组学—蛋白质组学—系统生物学”的研究方法、技术思路、前沿进展及其在各生物学科中的应用。
核心课程包括:
1、基因组的比较研究、DNA测序技术原理与进展(讲课人:于军 教授)
2、 转录组的测定与分析、大规模测序方法及应用、微生物基因组学(讲课人:胡松年 教授)
3、系统生物学建模分析及高通量分析技术应用(讲课人:杨军、陈铭 教授等)
4、 蛋白质组学概论及应用 (讲课人:钟伯雄 教授)
 
二、培训班上机内容
上机实习课采用 “跟我学”方式,学习实践各类基础生物信息学软件,每人一台PC机跟着大屏幕一步步学会基因组、蛋白质组学数据分析的基本方法。主要内容如下: 
实习一: 基因组数据注释和功能分析
通过序列比对工具BLAST的学习,了解基因功能注释的原理;介绍多序列联配工具ClustalX及分子进化分析软件MEGA4,掌握系统发生树绘制的基本方法,认识基因复制在进化上的功能。
实习二: 转录组数据分析  
介绍转录组数据分析的基本流程及其原理;通过对tophat、cufflinks、R等转录组数据分析工具的介绍及演示,了解基于二代测序数据的转录组分析流程及常用分析方法; 利用kegg、GOstat、DAVID等在线工具挖掘转录组数据的生物学意义。
实习三: 芯片的基本数据处理和分析
使用TM4软件来实现芯片的数据采集,低质量过滤,标准化处理及聚类等可视化分析;使用GenMAPP软件挖掘芯片数据在代谢途径中的生物学意义;介绍NCBI GEO数据库,学习检索和提交芯片数据。
实习四:蛋白质结构与功能分析
从数据库搜索感兴趣的蛋白质氨基酸序列开始,接着对蛋白质基本理化性质、二级结构、和三维空间结构和序列模体进行分析,预测目标蛋白的生物功能。  
实习五: 蛋白质组质谱分析
使用X!Tandem、Mascot、Sequest等软件鉴定蛋白质质谱数据,将质谱结果匹配到蛋白质组数据库鉴定蛋白;使用TPP软件包进行统计学分析和优化检索结果练习。
实习六:系统生物学软件实习-----网络结构显示与分析
利用Cytoscape系统生物学分析软件,分析蛋白-蛋白相互作用,展示分子网络系统,并与基因表达等数据整合。
 
三、培训对象
1.无生物信息学背景,希望了解生物信息学的学员;3.已有组学数据需了解分析方法的研究人员;
2.计划开展各类组学研究的科研人员;4.有志从事生物信息学相关工作的学生或者技术人员。
 
四、报名方法
若对本期研习内容有兴趣,点击我要报名按钮,我们会即刻回函并在浙江大学继续教育系统录入,待排定课表后发给您详细课程表。待您再次确认后,发给您报到通知并排定上机号。培训结束,发放浙江大学继续教育证书。
 
五、教材
"DNA和蛋白质序列数据分析工具"(第三版), 薛庆中等编著,科学出版社出版 2012年6月发行。
"基因组学概论"(第二版),薛庆中等编著,科学出版社出版 2016年1月发行。
均由会务组在报到时提供。
六、其他事项
注册费为¥3800/人(报到时现金缴纳,刷卡【含公务卡】或预先转账电汇均可)。食宿费用自理,会务组可统一安排。
联 系 人:代成林 18757558672     沈志成 13958194424    咨询电话:0571-88206579
电子邮件地:genetrain@zju.edu.cn        daichenglin@zju.edu.cn
 




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