针灸起源于中国，具有悠久的历史。针刺法萌发于新石器时代。当人们发生某些病痛或不适的时候，不自觉地用手按摩、捶拍，以至用尖锐的石器按压疼痛不适的部位，而使原有的症状减轻或消失，最早的针具：砭石也因之而生。随着古人智慧和社会生产力的不断发展，针具逐渐发展成青铜针、铁针、金针、银针，直到现在用的不锈钢针。

相传，华夏文明的始祖伏羲是中医针灸的发明人。伏羲氏不仅画八卦，结绳为网，教民田猎，而且“尝百药而制九针”（东汉皇甫谧记载于《帝王世纪》）、“尝草制砭”（南宋罗泌记载于《路史》）。砭就是砭石，即华夏民族最早的针灸。灸法的起源与为的发现和使用有着密切的关系，当身体有某种不适时，用以去烘烤得以减轻，继而用各种树枝作为施灸工具，逐渐发展到艾灸。

针灸治疗方法是在漫长的历史过程中形成的，其学术思想也随着临床医学经验的积累渐渐完善。

1973年长沙马王堆三号墓出土的医学帛书中有《足臂十一脉灸经》和《阴阳十一脉灸经》，论述了十一条脉的循行分布、病候表现和灸法治疗等，已形成了完整的经络系统。

《黄帝内经》是现存的中医文献中最早而且完整的中医经典著作，已经形成了完整的经络系统，即有十二经脉、十五络脉、十二经筋、十二经别以及与经脉系统相关的标本、根结、气街、四海等，并对腧穴、针灸方法、针刺适应症和禁忌症等也做了详细的论述。尤其是《灵枢经》所记载的针灸理论更为丰富而系统，所以《灵枢》是针灸学术的第一次总结，其主要内容至今仍是针灸的核心内容，故《灵枢》称为《针经》。继《内经》之后，战国时代的神医扁鹊所著《难经》对针灸学说进行了补充和完善。