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获取科研信息方法12:利用知识发现平台

已有 4887 次阅读 2010-12-18 19:21 |个人分类:科研方法|系统分类:论文交流| 方法, 知识发现, 信息获取, 科研信息

获取科研信息方法12:

       科研人员可以学习知识发现的方法,在科研选题和科研过程中,通过知识发现平台找出海量文献数据库的隐含知识,从中可能得到科研启发或得到重要的科研线索。

生物医学领域的知识发现平台:

例如 http://arrowsmith.psych.uic.edu/arrowsmith_uic/index.html

Arrowsmith: Identify meaningful links between two sets of Medline articles
Author-ity: Identify Medline articles written by a particular individual
Anne O'Tate: Summarize, drill-down and browse the results of a PubMed query
WETLAB: An open source electronic lab notebook
ADAM: Another database of abbreviations in Medline
References
Compendium of Biomedical Text Mining Tools
Journal of Biomedical Discovery and Collaboration:
A peer-reviewed, open-access journal that encompasses all aspects of scientific information management and studies of scientific practice. The journal is indexed in PubMed, PubMed Central, Google Scholar, Scopus, and DOAJ.
Downloads and utilities page

又例如 http://ibmi.mf.uni-lj.si/bitola/?oe=bitola

The two BITOLA tools

The system is available in two versions: "closed discovery" and "open discovery".

Closed discovery allows the input of two concepts (Example 1: a disorder and a gene. Example 2: a drug and a side effect) and generates potential explanations of the relationship between two entities. It does this by searching published literature to finds intermediate links.

Open discovery allows the input of a single concept, then categories for first-order relatives of that concept, then categories for relatives of those first order concepts. Thus it can link from a disease to related drugs, then to genes related to those drugs and then test if those genes have been mentioned/tested in association with the disease. If the answer is no, then the gene is potentially related yet untested in the literature. Thus the open discovery tool is a nominator of new genes, drugs or neuroscience correlates to be investigated with diseases, disorders, physiological responses or any other phenotype.

Please click on the pictures to access the following tools:
(NOTE: If you have not used BITOLA before, please read the
tutorial below first)


Tool 1: Closed discovery system         

Tool 2: Open discovery system

             知识发现实例,你可以点开看看,作为学习参考:

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