本文收到了刘尧老师（公众号：生信小白鱼）《列举一些次级代谢物基因簇相关的数据库》一文的很多益处，在此感谢。

此次要完成的任务是根据宏基因组序列预测这个群落的抗菌潜力。

输入：宏基因组clean reads

输出：antimicrobial potencial prediction (如何量化待定）

之前的工作涉及细菌的全基因组测序和功能预测时使用了bagel4来预测抗菌素(bacteriocin), 但抗菌素并不是细菌antimicrobial peptide（AMP） 的全部（见维基该词条）。初拟路线：

1. Bacteriocin prediction (mainly via Bagle4)

2. AMP prediction (工具待定)

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时隔一年，发现刘老师的博客已经关闭，该文章也只有好友可见了，可惜。我自己除了使用bagel4还主要使用了antiSMASH2, 主要参考刘永鑫老师（公众号：宏基因组）的这篇博客：https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/90748970

转载本文请联系原作者获取授权，同时请注明本文来自范欢科学网博客。

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