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COVID-19分子流病检测(筛查)应该用基于杂交的芯片法进行

已有 3818 次阅读 2020-8-2 01:46 |个人分类:My Ideas|系统分类:观点评述

   Sars-cov-2的聚合酶链式扩增法筛查通常需要先反转录之后再做PCR, 即两步法RT-PCR,所以流程长,出结果慢。更有甚者,由于Sars-cov-2基因组复制所用的RNA聚合酶不具校对活性,完全依从碱基选择,所以错误率高(应该类似DNA聚合酶中的Y族和部分B族),也正因为此,如果RNA聚合酶(RDRP)所固定的错误碱基恰好出现在PCR所使用的DNA引物3'生长端附近就有可能直接影响PCR延伸,导致PCR失败(而这种问题不能通过降低退火温度(杂交时改成杂交温度),而只能通过改变退火方式,比如快退火(fast annealing)才有可能回避,但在现实中通常很难操作),因为不能理解为什么很多案例往往经过多次筛查才出现阳性结果。

  与RT-PCR不同,分子杂交则是基于分子探针核酸序列(可以是DNA,也可以是RNA)和病毒RNA基因组上的互补序列之间是否在特定条件下形成杂交体,则更主要依赖所用探针的Tm值和GC含量。

   在这种情况下,单个碱基或少数碱基的突变(要依RDRP所能表现的突变率计算,比如RDRP的突变率是千分之一,那么只有在1000个碱基的探针才有可能出现1个碱基突变,而杂交的探针远远不用这么长)并不必然影响杂交结果。即使不运气碰到1个突变的碱基区,依然有可能“杂交”出信号(即使有碱基突变也可以把杂交温度稍微设低一些或探针长一些或换一下保守区加以规避)。加上使用非放射性荧光标记探针,及以array的形式分析,因此可以同时分析很多样品,且能同时保障了被检样品的处理和分析的平行性(在相同实验条件下),因此被检测样品结果彼此互为对照,增加了结果的可信度。加上计算机控制的激光扫描芯片信息处理,可实现高效 快捷、高精度、高通量针对诸如乌鲁木齐、香港等正在进行的人群筛查。可同时筛查出人群中Sars-cov-2带毒者,包括有症状者和无症状感染者。不信试试看!



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