（1）miRbase：众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2014年6月。

网址：http://mirbase.org/index.shtml

（2）starBase：一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年9月。

网址：http://starbase.sysu.edu.cn/

（3）Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2014年（v7）。

网址：http://microrna.gr/tarbase/

（4）miRecords：一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2013年4月。

网址：http://mirecords.biolead.org/

（5）targetScan: 基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2012年6月（v6.2）.

网址：http://www.targetscan.org/

（6）PicTar：基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。

网址：http://pictar.mdc-berlin.de/

（7）PITA：基于靶位点的可接性（target-site accessibility）和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。

网址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html

（8）RNA22：基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。

网址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html

（9）miRanda和microRNA.org：是著名的Memorial Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。

网址：http://www.microrna.org/microrna/home.do

（10）MicroCosm：EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。

网址：http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/

（11）miRTarBase：整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2013年11月。

网址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html

（12）miRGator v2.0：整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。

网址：http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/

（13）MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。

网址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/